地下水处理主要是为了去除铁锰、氨氮、泥沙、水垢等有害物质，使经过处理后的水质达到国家饮用水标准。目前井水、地下水处理主要是除铁、锰，因为在我国，地下水中铁锰含量偏高相当普遍，除铁锰主要采用曝气加过滤，过滤用的过滤介质通常用石英砂、锰砂，后面再经过活性炭及精密过滤器进行过滤，经处理后，水质基本上能达到国家饮用水标准。
用于地下水除铁除锰的天然锰砂，其锰的形态应以氧化锰为主。含锰量（以MnO2计）不应小于35%的天然锰砂滤料，既可用于地 下水除铁，又可用于地下水除锰；含锰量为20%～30%的天然锰砂滤料，只宜用于地下水除铁；含锰量小于20%的锰矿砂则不宜采用；宜优先采用经过科学试验或生产使用证明能获得良好除铁和除锰效果的天然锰砂品种作滤料。地下水除铁锰过滤器是利用锰砂滤料表面活性滤膜的催化作用，当曝气含氧水流经过砂滤层时，由于滤料的接触催化作用，水中的铁、锰离子开始氧化，使水中的铁锰离子在滤料表面形成含有结晶水的活性氧化膜，依靠物理截留吸附作用去除。锰砂滤料可去除铁、锰及多种有害金属，去除率高达90%以上，可直接将高含铁地下水处理成可饮用水，也可用于水的脱色、除臭、除味等。
活性炭滤料用于吸附原水中的水中的异色、异味、余氯、氯的副产物及有机物、部分色素和有害物质等（如农药、杀虫剂、氯化烃、芳香族化合物），降低化学耗氧量COD。活性炭被广泛应用于生活用水及食品工业、化工等工业用水的净化，由于活性炭的比表面积很大，其表面又布满了平均为20—30埃的微孔，因此，活性炭具有很高的吸附能力。此外，活性炭的表面有大量的羟基和羧基等官能团，可以对各种性质的有机物质进行化学吸附，以及静电引力作用，因此，活性炭还能去除水中腐殖酸、富维酸、木质磺酸等有机物质，还可去除象余氯一类对反渗透膜有害的物质，通常能够去除63%—86%胶体物质，50%左右的铁，以及47—60%的有机物质。活性炭脱出余氯的过程是一个简单的氧化还原过程。此过程有可能使活性炭破碎，但破碎的活性炭并不影响脱出余氯的效果，因此活性炭脱出余氯的效果非常强。
