2000年与北京大学合校后，北京大学医学部本着“实事求是”与“发展是硬道理”的原则，采取以条块结合，逐步融合为方针的管理体制，利用合校后的学科综合优势，不断发展学科建设，推动医学教育改革与科学研究，努力改善基础设施条件。
启动并不断探索医学、药学与预防医学学生长学制的培养模式，大力推进医学学科与理科、人文社会学科的交叉，学科建设更是得到有力加强，学科布局进一步优化，促进了基础医学与临床医学、医学和药学、预防和治疗的结合，促进了生物医学与数学、物理、化学、力学、电子学等多学科的交叉，形成了人体干细胞工程研究与应用、人类功能基因和疾病基因研究和循证医学等若干个新兴的交叉学科群。
在此基础上，医学部完善和建立了一批科研和技术平台，同时根据学科发展和重大疾病防治研究的需要，利用北京大学学科齐全的综合优势，成立了糖尿病研究中心、医学遗传学中心、衰老研究中心、感染病研究中心等研究机构。北京大学生物医学跨学科研究中心也得到了发展，为开展多学科或跨学科合作研究、面向国家重大需求与承担国家重大任务创造了更加有利的条件。
北京大学医学部乘车路线
北京西站坐地铁9号线在国家图书馆站换乘地铁4号线在海淀黄庄站换乘地铁10号线在西土城站下车步行410米到学知桥北站坐公交94路在塔院站下车步行90米即到
北京南站坐地铁4号线在海定黄庄站换乘地铁10号线在牡丹园站下车步行1100米即到
