可以采用半自动和全自动两种控制系统，半自动采用时间继电器控制，主要是控制时间和温度，温度设定差距在3-5度，这样设计的原因是保持巴氏杀菌中水的温度相差不会太大，当水的温度设定为75度时，电加热管升到这个温度，会自动停止加热，当温度低于50度，电加热管会重新在给水加热至75度，如此循环，达到灭菌效果。为什么巴氏杀菌线能够控制水温，因为在巴氏杀菌机中有一个温度探头，这个温度探头的作用很大，他把感应到的水温传送给控制系统，控制系统根据它的提示，控制电加热管的工作。全自动控制系统，采用PLC触摸屏控制，采用人机系统一体化控制巴氏杀菌机的整个流程。我们的PLC触摸屏采用的是韩国进口LG品牌的，经久耐用，触摸屏灵敏度高。巴氏杀菌的原理是在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢；温度越高，繁殖越快。但温度太高，细菌就会死亡。不同的细菌有不同的最适生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏杀菌其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但经巴氏杀菌后，仍保留了小部分无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢。
