在种植上使用em菌液是目前比较盛行的方法。em菌的主要作用是可以提高品质产量，减少病害，减少农药使用。同时有益菌可以改善土壤，减少土壤中的有害菌，起到减少病害的作用。用法不同，起到的效果也不同。主要用法有：喷洒叶面、淋根、浇灌、发酵肥料等。
em菌的使用方法（蔬菜、果树）：
1.园林果木
各种果树、茶树、桑树、人参、中药-材、花卉等。
（1）苗圃整地时，施入高强EM菌稀释液堆肥；育苗中，先用0.5%高强EM菌稀释液浸种，再用0.125%EM菌稀释液浇根和叶面喷施。
（2）秋季采果（叶）后和春季芽膜萌动前，各施1次每亩50公斤EM菌稀释液堆肥作基肥。
（3）春芽长至1公分左右后，每隔7天对枝叶喷洒一次0.1%EM菌液防虫液，到9、10月再喷洒1-2次，防止病虫害。
（4）现蕾期和花谢末期，各喷洒一次0.1%EM菌液，提高坐果率（开花期不宜喷洒）。
（5）稳果期、壮果期和采茶、摘桑叶前各喷施一次0.1%EM菌液（视长势可适当增加喷洒次数），有利于提高产量和品质。
（6）每年秋天至冬天前，每隔15天喷洒一次0.1%EM菌液，可开防止冬季落叶。
（7）水果保鲜：采果前3天，在鲜果四周喷洒一次1%EM菌液。如采果前没有喷洒EM菌稀释液，可将摘下的表皮无损的鲜果用1%EM菌液喷洒，晾干后装框，用塑料膜覆盖四周，每隔一周检查一次，挑出烂果后，用0.2%EM菌液喷洒一次，再晾干装框堆放，四周覆盖。经此法处理的水果，比传统方法可延长保鲜时间1-2倍。
.蔬菜
（1）叶菜类（芹菜、菠菜、生菜、油菜、白菜、莴苣等）
1种子处理：用1：1000的EM菌稀释液浸10-24小时或用1：100EM菌稀释液浸0.5-1小时后撒播。
2基肥或根外追肥：每次每亩用70—200kgEM菌堆肥翻埋土中。
3喷叶：每次每亩用EM菌液0.7-1公斤按1：1000稀释后喷淋。叶至旺盛期7-10天喷一次，供喷3次。
4沾根：把EM菌液按1：100稀释成水溶液后，将苗根浸沾10分钟后即可移栽（不带土移栽的秧菜较好，如大白菜、小油菜等）。
（2）瓜菜类（黄瓜、西瓜、冬瓜、南瓜、丝瓜等）
以黄瓜为例：
1瓜地处理:种植前一个月，EM菌液配置成倍稀释液喷洒润湿地面再翻耕。
2施基肥：种植前半个月每亩用EM菌发酵堆肥kg ,埋入地里20cm ,改良土壤。
3浸种：用100倍稀释液浸泡瓜种15分钟（硬壳瓜子要泡三十分钟）。
4移栽时用1：200的EM活性液稀释液淋根。定植一周，喷洒一次。对防治蚜虫、瓜螟和黄守瓜等害虫有很好的效果。
5保花保果：在谢花2/3 时，喷洒EM菌粪水肥（倍）和EM菌稀释液（1000倍），可代替传统常用。
6每采栽一次瓜果，都要施入一定量的EM菌堆肥，给瓜果提供必要的营养。
（3）果菜类（辣椒、西红柿、茄子、豆角、花菜等）
1种植前一个月用EM菌稀释液每亩2-3 kg 按1：1000兑水喷淋地面再翻耕。半个月后再每亩300kgEM堆肥，埋入地里改良土壤。
2浸种：用1：500EM菌稀释液0.5-1小时。
3移栽定植时用1：800EM菌稀释液作定根水，移栽一个月后开始每20天用1次EM菌粪水肥1：200兑水浇根，或用EM菌堆肥每亩70-200kg翻埋土中。
4花期前用EM菌防虫液每隔一周喷1次防病虫害。瓜果后每亩用EM菌活性液3kg按1：800兑水喷洒叶面和果实1次，以后每采摘一次按1：1000EM菌稀释液喷洒1次。
3.旱地作物
适用于麦类、豆类、薯类和草本油料、棉、麻类、甘蔗、烟叶、蔬菜（含大棚）、瓜类、芦笋、牧草等。
（1）翻耕整地时，每亩施EM 菌肥堆肥50公斤，（入土20公分左右）。或用0.2%EM菌液均匀喷洒一遍土面。
（2）育苗期，用0.5%EM菌液将种子浸泡后播下，出苗后，
农富乐种植em菌的功能作用：
1、刺激土壤有机质分解、提高土壤肥力，改良土壤结构，增加土壤中有益微生物菌群，控制细-菌微生物，预防、减少病虫害的发生,减少化肥、农药使用量。
2、增强植物的代谢功能，提高光合作用，促进种子发芽、根系发达、早开花、多结果，成熟期提前3-5天以上。
3、解磷、解钾，提高有机物对土壤中磷、钾的利用率,改良土壤，促进团粒化结构，提高土壤的保水和透气性能，消除土壤板结；
4、平衡土壤PH值，防治黑根烂茎，沤根死棵，急性萎蔫,抗重茬，长期使用可以减轻作物的连作危害和生理病害。
5、促进根系生长发育，提高作物产量，瓜果蔬菜增产10%-30%，改善瓜果蔬菜的品质和口感,有抗氧化作用，延长水果、蔬菜的保鲜时间。
6、增强抗逆性，可有效提高植物对高温和干旱等不良环境的抵抗能力。
7、浸种，能明显提高种子发芽率和出苗率，使苗壮苗齐，并能预防苗期病害。
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