垫料的选择很关键，原则上要求如下：
垫料配方设计的原则是，垫料选择的原则是：以惰性原料为主，硬度较大，有适量的营养如能量在内，各种原料的惰性和硬度大小排序为：锯木屑＞统糠粉＞棉籽壳粗粉＞棉杆粗粉＞小麦秸粗粉＞黄玉米秸杆粗粉＞稻草粉＞其他秸秆粗粉，惰性越大的原料，越是要加点营养饲料如米糠或麦麸，保证垫料的碳氮比在25︰1左右，不然，全部用惰性原料如锯木屑，则发酵不起来，没有营养在内，无法发酵起来，无法发酵产热，从统糠粉开始的其他原料，也至少要加米糠或麦麸等至少每平方米1～3公斤。
注意惰性主原料的颗粒粒度不能过细，也不能过粗，如统糠粉，以5毫米筛片来粉碎为度，木屑也要用粗木屑，以3毫米筛子的“筛上物”为度。或者用粗粉碎的原料。
有条件的，在发酵床垫料的底层，采用小木椴，5厘米长的粗玉米秸秆（要比较硬质的），垫上30厘米厚，也可以用不粉碎的谷壳垫底层（30公分），再上层辅上如上配方的发酵垫料，但要保证上层发酵垫料至少40厘米以上厚，也就是一共至少70厘米厚，这种配合，可以限度地保证下层垫料也比较疏松，和发酵力旺盛，便于空气进入。
如果当地的秸秆资源比较多，实在要用一些秸秆，如玉米秸秆，则可以以隋性原料如木屑统糠等为主的基础上，再添加30%左右的秸秆（秸秆要切短成几公分左右），秸秆必须分散在惰性垫料当中，即与隋性垫料混合好，秸秆类原料不能集中在一起，不然的话，会出现板结的现象，因为玉米秸秆中的蛋白质含量达到8%，比较容易发酵分解，造成板结，而分散在木屑等惰性原料中，则不会板结，猪会通过拱料的方式，找到这些发酵好的美味的发酵玉米秸秆，会单独挑出这些发酵好的秸秆并吃掉它们，以后，可以再补充玉米秸秆，但原则是要分散它们于木屑等隋性原料当中。
平均每平方米至少用到垫料重量150～200公斤。
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