建立记录和文件管理系统记录是采取措施的书面证据，没有记录等于什么都没有做。因此，认真及时和精确的记录及资料保存是不可缺少的。HACCP程序应文件化，文件和记录的保存应合乎操作种类和规范。保存的文件有：说明HACCP系统的各种措施（手段）；用于危害分析采用的数据；与产品安全有关的所做出的决定；监控方法及记录；用于危害分析采用的数据；与产品、安全有关的所做出的决定；监控方法及记录；由操作者签名和审核者签名的监控记录；偏差与纠偏记录；审定报告等及HACCP计划表；危害分析工作表；HACCP执行小组会上报告及总结等。
项记录在归档前要经严格审核，CCP监控记录、限值偏差与纠正记录、验证记录、卫生管理记录等所有记录内容，要在规定的时间（一般在下、交班前）内及时由工厂管理代表审核各，如通过审核，审核员要在记录上签字并写上当时时间。所有的HACCP记录归档后妥善保管，美国对海产品的规定是生产之日起至少要保存1年，冷冻与耐保藏产品要保存2年。
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