虽然HACCP管理体系已经在我国食品加工企业尤其是出口食品生产企业得到广泛的建立和应用，在提高食品的安全卫生和质量方面的作用也越来越得到广泛的认同，但问题也暴露得比较明显。笔者在多年的工作实践中发现从宏观的角度看，目前我国在HACCP体系的建立和应用方面还存在一些问题，有些是个别企业特有的问题，但更多的是共性问题。
1HACCP管理存在的问题；政府管理人员缺乏专业技能；我国的各政府主管部门在各自的行业内对HACCP的推广和应用起着决定性的作用，但一些政府部门人员HACCP体系了解甚少，缺乏相应的执法和管理素质。
资源浪费；目前，十分重视食品的安全问题，投入了大量资金用于食品安全的科研和推广工作，有的部门争取到HACCP课题后，不去做基础调研工作，也不结合实际工作情况，自己另起炉灶从头开始重复研究工作，甚至强行要求工厂重新建立一套HACCP体系，这样既浪费了资源，又贻误研究时机，影响了我国HACCP整体工作的开展。
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