养殖场粪便等污染不经处理，随排放或处置不当，污染地面、土壤和地下水。粪便污水 对水体和土壤的污染主要是有机污染物和氮、磷等营养物质所带来的危害。
1、有机污染物
粪便中含有大量含碳化合物、含氨化合物等腐败有机物，进入水体后，严重首先使水质浑浊，水色变黄，气味变臭。在微生物作用下，大量消耗水中的溶解氧时，溶解氧被耗尽，有机物进行厌氧分解，产生多种恶臭物质，水体变黑发臭，水质恶化，不能饮用。
2、氮、磷营养物质污染
氮、磷是养鸡排泄物的主要营养物质污染物。在有机分解过程中，有机物氮、磷还要被矿化为无机的氮、磷。多数含氮化物被氧化成硝酸盐，其中一部分滞留在表土层，另一部分则渗入地下，日积月累则会污染地下水源。含磷过多的污水流入河沟和池塘，使水体富营养化，可使藻类等浮游生物大肆繁殖疯长，导致水中溶解氧含量降低并产生多种毒素，直接影响鱼类生长。由于藻类大量繁殖，加大了水的浑浊度，使水生植物和藻类的光合作用发生障碍而死亡，死亡的藻体和水生植物在厌氧条件下腐烂分解，导致水体恶化，从而危害生态环境。
3、矿物质元素污染
在畜禽养殖行业，为增强畜禽的食欲，往往在饲料中加入食盐，这导致粪尿盐分含量增多，直接影响动物健康和畜产品的食用安全，污染土壤，对农作物的生长不利。该项目的实施，将有助于改善畜禽粪便对土壤和水体的污染。
鸡粪中含砂量较高，特别是种鸡粪，饲料中砂砾与贝壳的添加量就有8%，经过消化道带入粪便中。且鸡粪中含有较多的鸡毛，特别是换羽期。
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