化石还可以通过矿化作用和石化作用而保存下来。当含矿化的地下水把矿物沉淀于生物体的坚硬部分所在的空间时，使得生物的坚硬部分变得更坚硬、抵抗风化作用的能力更强。较普通的矿物有方解石、二氧化硅和各种铁的化合物。所谓置换作用或矿化作用是生物体的坚硬部分被地下水溶解，与此同时其它物质在所空出来的位置上沉淀下来的过程。有些置换形成的化石的原始结构被置换的矿物所破坏。
不仅动植物的遗体能形成化石，而且表明它们曾经存在过的证据或踪迹也都能形成化石。痕迹化石能提供有关该生物特点的相当多的情况。很多壳、骨、叶以及生物的其它部分，都能以阳模和阴模的形式保存下来。如果一个贝壳在沉积物硬化成岩之前就被压入海底，它的外表特征就会留下压印（阴模）。如果阴模后来又被另外一种物质充填，就形成阳模。阳模能显示出贝壳本来的外部特征。外部阴模显示的是生物体硬部分的外部特征，内部阴模显示的是生物体坚硬部分的内部特征。
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1.65亿年前，恐龙还统治着地球。跟那些庞然大物相比，史前巨型跳蚤体长才2.4厘米，微不足道，但却是现代跳蚤体长的8倍。还有一种叫“恐怖虫”的，虽然体型小，但是长有一对类似螃蟹的大钳子，它生来不为吸血吃肉，一生就为传宗接代……五一期间，这些稀奇古怪的虫子化石，将在南京古生物博物馆公开展出。市民可以前往参观，一睹这些全球科学界著名小虫的神奇风采。
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不过，此次古生物所的特展却展出了三块跳蚤化石。有两块来自白垩纪，一块来自伯罗纪的巨型跳蚤化石。这可是1975年出生的古生物专家黄迪颖研究员，在搜寻了数十万块化石后无意中发现的。
这其中有体长2.4厘米的巨形跳蚤，距今1.5亿年前，是目前发现的大的跳蚤，而现代跳蚤通常大体长不过3毫米。黄迪颖说，根据研究，它们是骑在恐龙背上撒野的巨型昆虫，可能以吸恐龙血为食，而且雌虫比雄虫更要大很多。另外，它们没有翅膀，触角很短，但是具有更多的节数(16-19节，而现代种类11节)。它的口器向后，“嘴”很像是吸管，脚爪很长，发育着栉状刚毛；胸部和腹部发育大量鬃毛，一致整齐的后排，像是被梳理过一般。
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