矿泉水的微生物主要是通过过滤和杀菌去除的。部分体积较大的微生物经过过滤已去除，但大部分微生物极其芽孢、病毒要通过杀菌才能除去。由于微生物种类繁多、生命力强、繁殖快、易分布，因而对矿泉水的微生物控制要求更严格。生产上广泛使用的是臭氧杀菌，其杀菌关键决定于水中臭氧的浓度。臭氧用于水消毒有一个临界浓度，即在临界浓度上时可把水中微生物全部杀死，而低于临界浓度，则水中微生物能够存活，一般水中临界值取0.3~0.4mg/kg。生产中臭氧浓度也不宜过高，否则不仅不会提高杀菌效率，还会带来溴酸盐超标。
矿泉水易受霉菌和酵母菌等真菌类的微生物污染，在常温下，被污染的矿泉水大概10天左右就会看见有白色的漂浮物，像棉絮一样均匀分布在水中。这也是目前很多矿泉水厂头疼的问题。
天然矿泉水生产最容易出现且最难控制的问题就是微生物污染问题。尽管国家标准中允许存在一定量的细菌，但实践证明，凡初检有少量细菌存在但符合饮用卫生标准的矿泉水产品很难在保质期内保存。因此，多数企业标准都内定肋个零指标（细菌数、霉菌数、大肠杆菌、致病菌数皆为零）。
天然矿泉水的微生物污染主要包括细菌、霉菌、放线菌的污染，细菌可将矿泉水中的硝酸盐转化成亚硝酸盐，从而影响人体健康；霉菌和放线菌的菌丝体可形成白色丝状漂浮物、白色絮状物，这一问题仍困扰着许多矿泉水企业。
如何才能长期、稳定、有效的控制天然矿泉水的微生物？一款合格的消毒剂是必不可少的，诺福作为进入中国8年的品牌，深耕于食品行业，对众多产品的生产流程了如指掌，配合我们独有的消毒剂和专业的技术销售人员，诺福为超过2000家高端矿泉水生产企业解决了微生物超标的问题。
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