HACCP体系运行中最容易疏忽的问题，HACCP体系运行过程应一直处于受控状态，但企业在运行过程中往往会有一些控制点容易疏忽，如果不加以重视，便不能真正控制食品安全风险。
一 可追溯系统没有建立或产品的可追溯性不能实现。
二 ＨＡＣＣＰ体系运行时，没有对产品召回程序进行详细策划，建立的召回程序过于简单，可操作性差，也没有进行模拟演练以对程序合理性和可操作性进行验证。
三 应急准备和响应程序中对应急情况的识别不到位，防止应急情况发生和发生时应急措施的制定不到位，没有将文件要求的内容对员工进行培训，也没有在可行时进行演练。
四 设备管理等文件没有考虑食品安全方面应注意的事项，如为防止食品污染，对设备维修后油污清理工作的要求没有体现等。ＨＡＣＣＰ体系运行则无法执行到位，
五 文件和记录的控制不符合要求，ＨＡＣＣＰ体系运行时表现为文件未经批准就使用、作废文件与现行文件并存、找不到文件及记录、记录不按照规定分类存档、不按照规定期限保存、没有规定记录保存期限等。
六 计量器具的管理不符合要求，表现为不按照要求定期检定/校准、校准方法没有科学依据、不标明计量器具的校准状态等。ＨＡＣＣＰ体系运行时监测系统便不能发挥应有的效果。
七 卫生标准操作程序（SSOP）和良好操作规范（GMP）等在ＨＡＣＣＰ体系运行中存在不符合的情况，如饮用水管落地、不能按照要求对水质进行日常检测、车间温度以及冷库温度不符合要求等。
上述情况的存在，阻碍了食品企业ＨＡＣＣＰ体系运行，，妨碍了食品安全管理水平的提高，增加了不安全食品出现的可能性。
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