由于我国畜禽养殖业污染防治工作起步较晚，污染防治的扶持引导政策不完善，历史欠账较多。同时，部分养殖业主片面追求发展规模，忽视了国家环保要求，对环境污染处理设施的投入少，规划、设计和运营不够专业，使得大量养殖废水只经过简单处理、甚至不经过无害化处理就直接排放。养殖废水中含有大量污染物，如有机物、氨氮、重金属和大量的病原体等。如不经过处理直接排放，不仅会严重污染地表水体，引起受纳水体富营养化，还会对土壤、地下水和农田生态系统造成破坏。畜禽养殖废水在厌氧怙况下，还会产生大量恶臭气体，危害周围居民的分体健康。生物处理技术是目前处理畜禽养殖废水的常用技术，包括厌氧处理法、好氧处理法和厌氧－好氧联合处理法等。
1) 厌氧处理法
厌氧处理法适用于处理含高浓度有机物的畜禽养殖废水。常见的有厌氧折流板反应器(ABR) 、上流式厌氧污泥床(UASB) 、微生物燃料电池(MFC) 等。
厌氧处理特点是造价低,占地少,能量需求低,还可以产生沼气;而且处理过程不需要氧,不受传氧能力的限制,因而具有较高的有机物负荷潜力,能使一些好氧微生物所不能降解的部分进行有机物降解。厌氧处理技术在处理含高浓度有机物废水的领域应用广泛，如制药、化工、养殖废水的处理，COD去除率高且占地少。但厌氧处理出水不能达标，若反应器不密闭常有臭味产生，因此厌氧出水需进一步处理，常采用好氧处理技术。
2) 好氧处理法
好氧处理的基本原理是利用微生物在好氧条件下分解有机物,同时合成自身细胞。在好氧处理中,可生物降解的有机物最终可被完全氧化为简单的无机物。常见的畜禽养殖废水好氧处理技术包括SBR、SBBR、生物膜法、生物滤池、MBBR、MBR 及A/O法等。
3) 厌氧( 缺氧) － 好氧联合处理技术
单独的厌氧或好氧处理无法实现畜禽养殖废水的达标外排，结合它们各自的优势，大多数畜禽养殖场采用厌氧(缺氧) － 好氧联合处理工艺。厌氧－好氧联合处理法既克服了好氧处理能耗大和占地面积大的不足，又克服了厌氧处理达不到要求的缺陷，具有投资少、运行费用低、净化效果好、能源环境综合效益高等优点，特别适合于规模化畜禽养殖场污水的处理。
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