无菌实验室主要控制有生命微粒（细菌）与无生命微粒（尘埃）对工作对象的污染。可分为：一般生物实验室和生物安全实验室。
1、 一般生物实验室，主要控制微生物（细菌）对象的污染。同时其内部材料要能经受各种灭菌剂侵蚀，内部一般保证正压。实质上其内部材料要能经受各种灭菌处理的工业洁净室。例：制药、食品、化妆品、饮料产品等工业实验室、医院实验室、微生物实验室、动物实验室、理化检验室、血站等。
根据其实验对象及要求的不同，洁净度等级为100级到300000万级。
2、 生物安全实验室：主要控制工作对象的有生命微粒对外界和人的污染。内部要保持与大气的负压。例：细菌学、生物学、物物工程（重组基因、疫苗制备）等。
生物安全实验室根据处理对象的不同，分为四个级别：
一级生物安全实验室：对人体、动植物或环境危害较低，不具有对健康成人、动植物致病的致病因子。
二级生物安全实验室：对人体、动植物或环境具有中等危害或具有潜在危险的致病因子，对健康成人、动物和环境不会造成严重危害。有有效的预防和治疗措施。
三级生物安全实验室：对人体、动植物或环境具有高度危险性，主要通过气溶胶使人传染上严重的甚至是致命疾病，或对动植物和环境具有高度危害的致病因子。通常有预防治疗措施。
四级生物安全实验室：对人体、动植物或环境具有高度危险性，通过气溶胶途径传播或传播途径不明，或未知的、危险的致病因子。没有预防治疗措施。
各级生物安全实验室洁净度都有具体的要求。
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