大家应该也知道亚马逊不负责货物清关，那么选择一家有能力的清关公司能避免很多问题的出现fba头程运输公司的选择这关系到货物的安全和费用问题，因为清关出问题，货物可能会面临被退回到发货地，而退货运费自己出，一般也较运费贵，同时还可能面临被销毁的可能。
选择了FBA，目的国清关问题是让卖家比较头疼的。因为亚马逊公司并不是“进口商”(Importer of record)，而只是“最终收货人”(Ultimate consignee)，他们不会负责卖家的货物清关，另外几乎没有卖家可以做到在亚马逊所有FBA国家拥有自己的分公司做进口。卖家可以挑选专业的清关公司，或者是在FBA头程中交由有经验的货代公司负责，所以FBA头程运输公司的选择很重要。
现在许多卖家都是多站点运营，因此对于不同国家的FBA，卖家还要应对不同的派送和清关要求。举例来说，欧洲国家对于电器类产品需要CE证书和CE LOGO;美国对于人体接触类仪器需要FDA DEVICE NO. 和MANUFACTUER LIST NO. ;日本对食物容器类产品需要进行产品测试;还有德国海关会严格查验低申报货物。
清关是FBA头程中相当重要的一环，处理不好，货物面临的是被目的国海关强制退回到发货地的尴尬局面，且退运费用昂贵，一般是出运费的3-4倍，大大增加了额外成本。
有些国家的海关甚至会销毁货物，曾经有卖家因为清关问题导致货物被毁，损失数万USD，财货两空。因此运营多站点的卖家在选择与fba头程运输公司合作时，要结合覆盖的线路范围和清关能力进行考量，货代公司若支持多个站点的FBA头程，清关能力又强，可以省去许多麻烦，也能规避风险。
