更容易和更高效的服务器管理
虽然服务器操作系统的功能多始终是好事，服务器管理人员每日工作的复杂性和工作量预期是减少的。 Windows Server 2008 R2通过面向管理的控制台来大大简化企业面临的这些问题。这些工具包含：
1. 改进的数据中心能耗和管理；
2. 改进的远程管理，包括可支持远程安装的服务器管理器；
3. 通过更新和简化Active Directory域服务和活动目录联合身份验证服务来改进的身份管理。
Windows Server 2008 R2还将Windows Server 2008受欢迎的PowerShell功能进行了改进。 PowerShell 2.0进行了更多的扩展，增加了240多个预置的cmdlet以及新的图形化用户界面（GUI），为创造新的cmdlet增加了专业级的开发功能支持。新的GUI，包括颜色化标记语法，新的生产脚本调试功能以及新的测试工具。
无所不在的远程访问
今天，随着移动办公人数的不断增加，他们要求IT提供到公司内部资源的远程访问能力。然而，诸如网络（WAN）的带宽有限、客户在何时连接的不确定性、以及会话重连导致的桌面管理任务（比如组策略的变更和补丁的更新）很难持续维持，这一系列问题，都是管理远程计算机所面临的挑战。
Windows Server 2008 R2中引入了一种新的连接类型称为DirectAccess。它为远程用户提供无缝访问企业资源，而不需要传统的VPN连接和客户端软件。使用Windows Server 2008中提供的技术，通过简单的管理向导，使管理员能够在R2和Windows 7 客户端之间配置基于SSTP和IPv6的DirectAccess连接，并将对这些连接的管理和控制与R2相关的安全和管理工具集成，比如管理策略和NAP。
在DirectAccess中，将每个用户都假设成一直使用远程连接。用户不再需要区分本地和远程连接，DirectAccess在后台处理这些区别。 IT专业人士将维持资源的访问控制和外围安全，帮助减轻连接双方的桌面安全和管理难题。
改善分支机构的性能与管理
很多分支机构的IT基础带宽都比较低。低速的WAN连接影响了分支机构员工访问总部资源的效率，并且分支机构带宽的使用费用多达整个公司IT运维成本的33%。 为了应对这个挑战， Windows Server 2008 R2引入了BranchCache功能，用来减少WAN利用率，并提高了网络应用程序的响应速度。
通过BranchCache，如果请求访问的数据在本地曾经被请求过，那么客户端可以直接从本地网络获得相应的数据和文件。如果这些文件被存储在本地，那么客户端可以立即高速地访问，这些文件的本地存储可以是本地的BranchCache服务器或Windows 7计算机。
简化地SMBs管理
通过Windows Server 2008 R2，微软将更多的关注SMB和中端市场客户。这种关注提供给这些客户更多的产品选择，从Small Business Server到Windows Essential Business Server都包含了Windows Server 2008 标准版，所有SKUs都是一个完整的产品包，具备新的管理工具，使SMB 的IT Pro更加容易去管理和使用。
Active Directory中新的Active Directory管理中心就是一个例子，所有这些迥然不同的管理GUIs都被集成到单一的界面，并且全部都是基于PowerShell实现的。此外，还有最.佳实践分析程序，微软已将其扩展到每一个服务器角色，以保证所有服务器都和微软最.新的支持技术同步。
最后，还有新的Windows Server Backup工具。作为Widnows Server内置的备份工具，也进行了一系列的更新，包括详细的备份作业设计，包含图形化下系统状态信息的备份支持;并且优化了运行的速度并使用更少的磁盘空间。
迄今最.强大的Web和应用程序服务器
Windows Server 2008 R2有了众多的改进，使它成为最.好的Windows服务器应用平台，新的Internet信息服务7.5（IIS 7.5），便是重要的角色之一。
在Web服务器中，提供了扩展的IIS管理器，以便进行更简易的管理；IIS Powershell集成，以及支持.NET的Server Core，都是提供给用户的选择。IIS 7.5还整合了新的支持和排错功能，包括配置记录和专用的最.佳实践分析程序。最后，我们已经整合了一些与Windows Server 2008常用的扩展，包括URLScan 3.0（现在称为“请求过滤模块”）。
管理数据并不仅仅是管理存储
管理存储并不仅仅是管理磁盘。根据IDC*统计显示，从2008年到2012年，存储容量每年将以51%的速率增长。为了保持保持节奏，提高竞争力，企业必须开始管理数据，而不仅仅是管理磁盘。Windows Server 2008 R2为IT管理员提供新的文件分类基础架构（FCI）。这种新的功能，对现有的共享文件结构建立了可扩展的自动分类机制，这使IT管理员能够直接在完全自定义分类的基础上的进行具体操作。 FCI还扩展到合作伙伴，这意味着在不远的将来Windows Server 2008 R2的用户可能会看到ISVs 发布的FCI的其他功能。
