化石主要发现于海相沉积岩中，当海水中沉积物如石灰质软泥、沙、贝壳层被压紧并胶结成岩时，就形成了海相沉积岩。只有极罕见的化石出现在火山岩和变质岩中。火山岩原来是熔融状态，它的里面是没有生命的。变质岩经历了非常大的变化而形成的，使得原始的岩石中的化石一般都化为乌有。然而，即使在沉积岩中，所保留下来的记录也只是史前动植物的很小一部分。如果考虑到形成化石这一过程所需要的苛刻条件，也就不难理解为什么沉积岩中所保留下来的也只是史前动植物的很小一部分。
作为世界上早的陆生植物之一，莱尼蕨是原始、早登陆的维管植物之一。近期，中科院上海地质古生物研究所徐洪河研究员与上海大学专家合作，在中国华南早泥盆世地层中发现了莱尼蕨类的化石，距今约4亿年，这是这种维管植物首次在欧美以外的陆地被发现。
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人们熟知的蕨类和种子植物都属于维管植物。“莱尼蕨看上去非常不起眼，直径不到1毫米，但这种化石植物保存了精美的细胞结构，代表了古老、完整的陆地生态系统。”徐洪河介绍，莱尼蕨早发现在英国苏格兰的莱尼燧石层中，通常以硅化保存为主。自从莱尼蕨被报道以来，其化石产地除了英国以外屈指可数，而且从未在欧美古陆以外的陆地被发现。此次发现的莱尼蕨是微小型的，直径不足1毫米，整个个体也只有几个毫米，据测算，它距今约4亿年左右，而且结构很简单，茎干二分叉，非常纤细，并且保存有顶生的孢子囊。
2014年24日,维苏威火山突然爆发了。瞬息之间,火山喷出的灼热岩浆遮天蔽日,四处飞溅,浓浓的黑烟夹杂着滚烫的火山灰,铺天盖地地降落到庞贝城,空气中弥漫着令人窒息的硫黄味。很快,厚厚的熔岩和火山灰毫不留情地将庞贝城从地球上“抹”掉了。但当考古学家找到它的时候,城中的一切都还保留着原来的样貌。从三年前先,中科院上海地质古生物研究所的专家就在蒙古早白垩世地层中进行化石采掘,陆陆续续有了令人惊讶的发现,专家们接二连三发现了近十种裸子、被子植物,它们和一般化石平面化的保存方式不同,都是立体化保存的,这些化石距今已有1亿1000万年,样貌仍然栩栩如生。
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对许多人来说，“化石”一词已并不生疏，因自然博物馆里常陈列有化石。可若问你化石是怎样形成的？它的科学意义何在？恐怕就较少有人会说得清楚了。简单说来，化石是古代生物死后，其遗体遗物或遗迹被埋藏在地层里，经长期的石化作用，变成了像“石头”状的东西。比如，一条古代的鱼死了，尸体如果没被别的动物吃掉，也没被湍急的水流冲毁，而正好遇上沉积环境，被泥沙一层层掩埋起来。一年，十年，百年，千年，至少几万年甚至几亿年，软体部分腐烂了，骨头，鳍条等坚硬部分，其有机质逐步被无机质（矿物质）所置换，后变成了化石。化石的外形还和原来骨骼一样，但内容已是矿物质，所以分量就重多了。
照此说来，只有在沉积岩（或叫水成岩）中才能保存有化石，火成岩、变质岩中一般不会有化石。因为火山爆发时温度很高，即便有生物遗体，早已会被烧为灰烬。变质岩是在高温高压下形成的，也不可能把化石保存下来。不过，火山灰中却时有发现化石，因为火山灰飘落时业已冷却。所以，找化石，应到沉积岩地区去。不是经常有人发问，你们怎么知道哪里有化石？这是简明的回答。
