微波是直接对物料进行作用，因而没有额外的热能损失，炉内的空气与相应的容器都不会发热，所以热效率极高，生产环境也明显改善，与远红外加热相比可节电30%。
微波时间短，效率高。微波加热杀菌是使被加热物体本身成为发热体，不需要热传导的过程。微波从四面八方穿透物体内部里外同时使物体在很短时间内达到均匀加热杀菌，大大缩短了干燥杀菌时间，从而更能提高产量。
微波是在被加热物内部产生的，热源来自物体内部，加热均匀，不会造成“外焦里不熟”的夹生现象，有利于提高产品质量，同时由于“里外同时加热”大大缩短了加热时间，加热效率高，有利于提高产品产量。
电磁波的穿透深度和波长是同一数量级，除了较大的物体外，一般可以做到表里一起加热。微波加热的穿透能力比远红外加热强的多。微波加热能量利用效率很高，物质升温非常迅速，运用得当可加快处理物料速度，但若控制不好也会造成不利影响。
微波设备易于控制，工艺先进。与常规方法比较,设备即开即用;没有热惯性，操作灵活方便;微波功率可调，传输速度可调。在微波加热干燥杀菌中，无废水、废气、废渣，是一种安全无害的高新技术。
杀菌效果好。
常规的加热方法，如蒸汽加热、电热、红外加热等，要达到一定的温度，需要一定的时间，在发生故障或停止加热时，温度的下降又要较长时间。而微波加热无滞后效应，当关闭微波源后，再无微波能量传向物质，利用这一特性可进行对温度控制要求很高的反应。
