公元前400年亚里士多德就宣布化石是由有机物形成的，但是化石之被嵌埋在岩石中是由于地球内部的神秘的塑性力作用的结果。他的一个学生狄奥佛拉斯塔（Theophrastus）（约公元前350年）也提出了化石代表某些生命形式，但是他认为化石是由埋植在岩石中的种子和卵发展而成的。斯特拉波（Strabo）（约公元前63年到公元20年）注意到海生化石在海平面之上的存在，正确地推断，含有该类化石的岩石曾受到很大的抬升。
文艺复兴时期，几个早期自然科学家，著名的达芬奇论及到化石的问题。他坚决主张，洪水不能对所有化石负责，也无法解释化石出现在高山上。肯定地相信，化石是古代生物无可置疑的证据，并认为海洋曾覆盖过意大利。他认为，古代动物的遗体被深埋在海底，在后来的某个时候，海底隆起高出海面，形成了意大利半岛。在十八世纪末和十九世纪初，化石的研究打下了牢固的基础，并形成一门科学。从那时起，化石对于地质学家越来越重要了。
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化石主要发现于海相沉积岩中，当海水中沉积物如石灰质软泥、沙、贝壳层被压紧并胶结成岩时，就形成了海相沉积岩。只有极罕见的化石出现在火山岩和变质岩中。火山岩原来是熔融状态，它的里面是没有生命的。变质岩经历了非常大的变化而形成的，使得原始的岩石中的化石一般都化为乌有。然而，即使在沉积岩中，所保留下来的记录也只是史前动植物的很小一部分。如果考虑到形成化石这一过程所需要的苛刻条件，也就不难理解为什么沉积岩中所保留下来的也只是史前动植物的很小一部分。
作为世界上早的陆生植物之一，莱尼蕨是原始、早登陆的维管植物之一。近期，中科院上海地质古生物研究所徐洪河研究员与上海大学专家合作，在中国华南早泥盆世地层中发现了莱尼蕨类的化石，距今约4亿年，这是这种维管植物首次在欧美以外的陆地被发现。
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人们熟知的蕨类和种子植物都属于维管植物。“莱尼蕨看上去非常不起眼，直径不到1毫米，但这种化石植物保存了精美的细胞结构，代表了古老、完整的陆地生态系统。”徐洪河介绍，莱尼蕨早发现在英国苏格兰的莱尼燧石层中，通常以硅化保存为主。自从莱尼蕨被报道以来，其化石产地除了英国以外屈指可数，而且从未在欧美古陆以外的陆地被发现。此次发现的莱尼蕨是微小型的，直径不足1毫米，整个个体也只有几个毫米，据测算，它距今约4亿年左右，而且结构很简单，茎干二分叉，非常纤细，并且保存有顶生的孢子囊。
2014年24日,维苏威火山突然爆发了。瞬息之间,火山喷出的灼热岩浆遮天蔽日,四处飞溅,浓浓的黑烟夹杂着滚烫的火山灰,铺天盖地地降落到庞贝城,空气中弥漫着令人窒息的硫黄味。很快,厚厚的熔岩和火山灰毫不留情地将庞贝城从地球上“抹”掉了。但当考古学家找到它的时候,城中的一切都还保留着原来的样貌。从三年前先,中科院上海地质古生物研究所的专家就在蒙古早白垩世地层中进行化石采掘,陆陆续续有了令人惊讶的发现,专家们接二连三发现了近十种裸子、被子植物,它们和一般化石平面化的保存方式不同,都是立体化保存的,这些化石距今已有1亿1000万年,样貌仍然栩栩如生。
