脊椎动物的骨头和牙以及许多无脊椎动物的外甲含有磷酸钙，因为这种化合物抵抗风化作用的能力非常强，所以许多由磷酸盐组成的物质也能保存下来，如曾发现一枚保存极好的鱼牙。由硅质（二氧化硅）组成的骨骼也具有这种性质。微体古生物化石的硅质部分和某些海绵通过硅化而变成化石。另一些有机物具有几丁质（一种类似于指甲的物质）的外甲，节足动物和其它有机物的几丁质外甲可以成为化石，由于它的化学成分和埋葬的方式，使这种物质以碳的薄膜的形式而保存下来。碳化作用（或蒸馏作用）是生物埋葬之后在缓慢腐烂的过程中发生的，在分解过程中，有机物逐渐失去所含有的气体和液体成分，仅留下碳质薄膜。这种碳化作用和煤的形成过程相同。在许多煤层中可以看到大量的碳化植物化石。在许多地方，植物、鱼和无脊椎动物就是以这种方式保存下它们的化石。有些碳的薄膜地记录了这些生物的精细的结构。
生物体上的硬组织也能被保存下来。差不多所有的植物和动物都拥有一些硬部分，例如蛤、蚝或蜗牛；脊椎动物的牙和骨头；蟹的外壳和能够变成化石的植物的木质组织。生物体的坚硬部分由于是以能抵抗风化作用和化学作用的物质构成的，所以这类化石分布的较普遍。无脊椎动物例如蛤、蜗牛和等的壳是由方解石（）组成的，其中很多没有或几乎没有发生物理变化而被保存下来。
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这类大型淡水龟的化石并不多见。在972年，美国的古生物学家在委内瑞拉乌鲁马科地区曾发现另一种巨型淡水龟的化石，推测其体长超过3米。
在鄯善县境内，有一处特别的“墓地”，这里埋葬了上千只侏罗纪时期的乌龟骨骼化石，且数量丰富保存完整，实属罕见。近日，以乌龟化石为主题的纪录片《乌龟的墓地》在电视台0套播出了。
这些生活在.65亿年前的乌龟们到底是什么品种，为何会大量埋葬在一起，在它们死前发生了什么，它们和现在存活的乌龟有什么不同，当时的鄯善又是什么样的？昨日，记者通过电话联系到沈阳师范大学古生物研究所博士周长付，他是发现乌龟化石科考队的专家之一，他将为读者揭秘神秘的“乌龟墓地”。
周长付说，相比水生龟，陆龟的龟壳会鼓鼓的，前肢短，“手掌”小，方便爬行，而海龟的“手掌”就像船桨一样，更方便在水中划行。同时，根据化石附近的沉积环境来看，当时当地并没有海洋，而是淡水湖泊，所以根据测量和推断，它们是生活在.65亿年前的淡水龟。
生物的本来的柔软部分只有当它被埋在能够阻止其柔软部分分解的介质中时，才能得以保存。这种介质有冻土或冰，饱含油的土壤和琥珀。当生物在非常干燥的条件下变成木乃伊，也能保存它的身体上本来的柔软部分。这种情况一般只发生于干旱地区或沙漠地区，并且在遗体不被野兽吃。
据参与这项研究的古生物学家介绍，“煤龟”生活在古新世晚期，当时恐龙已灭绝约500万年，同时代生活着众多巨型爬行类动物，例如迄今发现的大蛇类体长达3米的塞雷洪泰坦莽。这主要是由于天敌减少、栖息范围扩大、食物充足以及气候温暖（当时全球气温比现在高摄氏度）等因素，为这些巨型动物的繁衍提供了良好的综合环境。此外，“煤龟”体型如此大也是这一物种为避免成为其它巨型动物的美食而在自然选择下进化的结果。
