张仲景写成该书后仍专心研究医学，直到与世长辞。晋武帝司马炎统一天下后的公元285年，张仲景的遗体才被后人运回故乡安葬，并在南阳修建了医圣祠和仲景墓。
张仲景的《伤寒杂病论》大约成书于东汉末年（公元200——20年），其内容包含伤寒和杂病两部分，共十六卷。西晋时代的太医令王叔和，将原书的伤寒部分整理成册，名为《伤寒论》。至唐代孙思邈将《伤寒论》全书载于他所撰述的《千金翼方》，这是我们能见到的《伤寒论》早的本子。到了宋代，经林亿等人加以校正，《伤寒论》才得以行世。现在通行的《伤寒论》有两种版本，一是宋版本，一是成注本。宋版本国内已无原刻本，只有明代赵开美的复刻本，也称赵刻本。成注本是金代成无已注释的。北宋初期，翰林学士王洙在翰林院残旧书籍中得到《金匮玉函要略》，是《伤寒杂病论》的节略本，共三卷，经林亿等对此进行校订，把这三卷中论述杂病和妇人病的部分整理编篡成《金匮要略》。
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本书撰于3世纪初，作者原撰《伤寒杂病论》十六卷中的另一部分。经晋王叔和整理后，其古传本之一名《金匮玉函要略方》，共3卷。上卷为辨伤寒，中卷则论杂病，下卷记载方。后北宋校正医书局林亿等人根据当时所存的蠹简文字重予编校，取其中以杂病为主的内容，仍厘订为3卷，改名《金匮要略方论》。
《伤寒杂病论》历经传抄失真失散，伤寒部分经晋太医令王叔和收集、整理、编次，形成《伤寒论》一书，当时杂病部分失传。
《伤寒论》以伤寒命名，伤寒二字有广义和、狭义之分。如《素问·热论》说：“今夫热病者，皆伤寒之类也。”广义伤寒是一切外感疾病的总称，“伤寒有五，有中风，有伤寒，有湿温，有热病，有温病。”《伤寒论》是外感疾病并包括某些杂病在内的辨证论治的专书。
六经病证，是六经所属脏腑经络的病理变化反映于临床的各种证候。因此，综合病之部位、性质、病机、病势等方面加以分析、归纳，判别为某经病证，是《伤寒论》的主要内容，也是辨证论治的重要依据。
这时候，东汉王朝四分五裂，张仲景官不能做，家也难回。于是他就到岭南隐居，专心研究医学，撰写医书。到建安十五年，终于写成了划时代的临床医学名著《伤寒杂病论》，共十六卷。经后人整理成为《伤寒论》和《金匮要略》两本书。《伤寒杂病论》系统地概括了“辨证施治”的理论，为中国中医病因学说和方剂学说的发展做出了重要贡献。后来该书被奉为“方书之祖”，张仲景也被誉为“经方大师”。
