脊椎动物的骨头和牙以及许多无脊椎动物的外甲含有磷酸钙，因为这种化合物抵抗风化作用的能力非常强，所以许多由磷酸盐组成的物质也能保存下来，如曾发现一枚保存极好的鱼牙。由硅质（二氧化硅）组成的骨骼也具有这种性质。微体古生物化石的硅质部分和某些海绵通过硅化而变成化石。另一些有机物具有几丁质（一种类似于指甲的物质）的外甲，节足动物和其它有机物的几丁质外甲可以成为化石，由于它的化学成分和埋葬的方式，使这种物质以碳的薄膜的形式而保存下来。碳化作用（或蒸馏作用）是生物埋葬之后在缓慢腐烂的过程中发生的，在分解过程中，有机物逐渐失去所含有的气体和液体成分，仅留下碳质薄膜。这种碳化作用和煤的形成过程相同。在许多煤层中可以看到大量的碳化植物化石。在许多地方，植物、鱼和无脊椎动物就是以这种方式保存下它们的化石。有些碳的薄膜地记录了这些生物的精细的结构。
生物变成化石的更有趣和不寻常的一种方式就是在琥珀中保存。古代的昆虫可被某些针叶树分泌出的粘树胶所捕获。当松脂硬结后并进一步变成琥珀，昆虫便留在其中。有些昆虫和蜘蛛被保存得非常好，甚至能在显微镜下研究它的细毛和肌肉组织。
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据悉，美国北卡罗来纳大学的古生物学者在南美洲哥伦比亚的一座煤炭矿坑中，发现了这种巨龟化石。据推测，这种巨龟是在恐龙灭绝500万年后出现的，生活在距今6000万年前的时代。
去年11月，由吉林大学、沈阳师范大学和新疆地调院组成的科考队发布了一条消息，他们在鄯善县发现了“乌龟墓地”，具体地点在一座小山丘接近顶部的长30米、宽10米的区域内，在其附近的多处地方，还发现了恐龙化石和其它化石碎片。
周长付说，相比水生龟，陆龟的龟壳会鼓鼓的，前肢短，“手掌”小，方便爬行，而海龟的“手掌”就像船桨一样，更方便在水中划行。同时，根据化石附近的沉积环境来看，当时当地并没有海洋，而是淡水湖泊，所以根据测量和推断，它们是生活在1.65亿年前的淡水龟。
“这是科考队在开展古生物考察时，以逛街扫街的方式发现的，当时大片的乌龟化石被风化而裸露出来。根据一平方米范围内乌龟化石的数量推测，至少有上千只乌龟化石，我们判断这些都是淡水龟。”周长付说。
生物的本来的柔软部分只有当它被埋在能够阻止其柔软部分分解的介质中时，才能得以保存。这种介质有冻土或冰，饱含油的土壤和琥珀。当生物在非常干燥的条件下变成木乃伊，也能保存它的身体上本来的柔软部分。这种情况一般只发生于干旱地区或沙漠地区，并且在遗体不被野兽吃。
