养殖户都知道要想养好虾，水质调控尤其重要，有经验的养虾户都会用水产EM菌给虾塘调节、稳定水质，甚至杀菌消毒都用水产EM菌，水产EM菌相比其他渔药更为安全，对虾没有副作用。定期用水产EM菌调水可以促进有益藻类生长，长期保持虾塘藻相稳定，水透明度高，溶氧足，换水时间延长一倍。
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水质是衡量鱼虾养得好坏的一种指标，许多有经验的养殖户通过水质的好坏就可以判断鱼虾的情况，是否得病或者能否泛塘等。而净化水质的方法除了传统的方法（注水、使用增氧机、施生石灰）外，还有一种新的方法，使用水质调节剂：水产EM菌种。
水产EM菌内含多种功能微生物，可以有效分解各种有害物质。当水质过肥、浑浊、透明度低时，施用适量使用水产EM菌种，可以保持水质澄清，防止水质老化，促进浮游生物生长和预防鱼病的发生。此外，与传统方法相比，使用水产EM菌 种还可以给鱼虾带来丰富的天然食物。
使用有水产EM菌种后的具体功效有：
刺激免疫系统，提高免疫力。消除污染物，净化环境。
增加有益微生物数量。水面浮游动物、有益藻类增多，特别是红虫不断增多至布满水面。
稳定和改善水质，水体颜色清爽，不臭不腐，无硫化氢、氨气等异味，能见度在25-50cm的时间长且较稳定，换水时间可延长2倍以上。
鱼虾粪、池底杂质和下脚料不会变成淤泥而呈散沙状。
促进生长，增重率明显提高。实践证明，在同等环境下，使用水产EM菌生态益生菌后，可提前上市，平均亩产提高20%-35%,产卵量增加，产卵时间延长。且孵化率较好；饵料不臭，改善养殖环境。
水产EM菌种平均亩产提高20%-35%,产卵量增加25%,产卵时间延长。有的试验表明，常温新鳖池用水产EM菌液后，产卵时间延长近70天，且孵化率较好，饵料不臭，改善了养殖环境。
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