去年11月，由吉林大学、沈阳师范大学和新疆地调院组成的科考队发布了一条消息，他们在鄯善县发现了“乌龟墓地”，具体地点在一座小山丘接近顶部的长30米、宽10米的区域内，在其附近的多处地方，还发现了恐龙化石和其它化石碎片。
虽然生物体的软组织的保存形成了一些有趣的和令人叹为观止的化石，但这种方式形成的化石是相对罕见的。古生物学家更经常地是研究保存在岩石中的化石。
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古生物学者表示，这种巨龟体型庞大，大小如同一辆汽车一般。它的头骨就有一只足球大小，下颚骨相当有力，可能以软体动物、小型乌龟，甚至是鳄鱼为食
近才开始的相关研究显示，这类淡水龟属于侧颈龟的一种，拥有强有力的巨型颚，因而能以软体动物、小型乌龟甚至小型鳄鱼为食。
脊椎动物的骨头和牙以及许多无脊椎动物的外甲含有磷酸钙，因为这种化合物抵抗风化作用的能力非常强，所以许多由磷酸盐组成的物质也能保存下来，如曾发现一枚保存极好的鱼牙。由硅质（二氧化硅）组成的骨骼也具有这种性质。微体古生物化石的硅质部分和某些海绵通过硅化而变成化石。另一些有机物具有几丁质（一种类似于指甲的物质）的外甲，节足动物和其它有机物的几丁质外甲可以成为化石，由于它的化学成分和埋葬的方式，使这种物质以碳的薄膜的形式而保存下来。碳化作用（或蒸馏作用）是生物埋葬之后在缓慢腐烂的过程中发生的，在分解过程中，有机物逐渐失去所含有的气体和液体成分，仅留下碳质薄膜。这种碳化作用和煤的形成过程相同。在许多煤层中可以看到大量的碳化植物化石。在许多地方，植物、鱼和无脊椎动物就是以这种方式保存下它们的化石。有些碳的薄膜地记录了这些生物的精细的结构。
一个国际古生物学家团队日前发表研究报告说，他们在哥伦比亚北部发现了生活在距今约6000万年前的巨型淡水龟化石，这种淡水龟的体积与一辆紧凑型小轿车的大小相仿。
化石还可以通过矿化作用和石化作用而保存下来。当含矿化的地下水把矿物沉淀于生物体的坚硬部分所在的空间时，使得生物的坚硬部分变得更坚硬、抵抗风化作用的能力更强。较普通的矿物有方解石、二氧化硅和各种铁的化合物。所谓置换作用或矿化作用是生物体的坚硬部分被地下水溶解，与此同时其它物质在所空出来的位置上沉淀下来的过程。有些置换形成的化石的原始结构被置换的矿物所破坏。