食用菌与植物：过去，人们认为食用菌是植物，但后来发现它不能光合作用、没有根茎叶 的分化，才把它从植物中划分出来，归为真菌。从源头上，原来植物与食用菌共处，寄生、共生，植物提供食用菌生活的小环境（如今的套种）。 2、食用菌与动物：寄生于动物体，形成冬虫夏草、蛹虫草、蝉花等；动物危害食用菌，成为害虫，如线虫、螨类。 3、食用菌与其它微生物：是食用菌的病源、竞争对手（与食用菌争夺营养和空间，即常说的?°杂菌?±），是食用菌栽培过程中必须清除的，为此而耗费了大量的人力和物资。 微生物的培养方法有三种，即纯培养法、选择性培养法和优势培养法。 （1）原种培养 接种后的试管原种，置于25℃左右的恒温箱中培养，经过2-3天即可检查生长情况，纯洁菌种经过7-15天的培养，原种菌丝即可长满斜面培养基。 （2）母种及栽培种培养 栽培种接种后置于25℃左右的培养室内培养。当菌种瓶中菌丝体伸入培养基的1/3时，培养室内的温度可降低2-3℃，以避免菌丝生长代谢加强，料温上升而引起高温障碍。培养室内保持60-70%的空气相对湿度。一般经过20-40天的培养，菌丝即可扩散生长到整个培养基，再经过7-10天即可培养出优质的菌种。 微生物的培养方法有三种，即纯培养法、选择性培养法和优势培养法。 组织分离法 （1） 子实体分离法（2）菌核分离法（3）菌索分离法：对一些不易找到子实体及菌核的菌类 3、基内菌丝分离法 对于子实体只有在特定的季节下出现，平时不易采到，或子实体小而薄或呈胶质状态（1）菇木（或耳木）分离法 在食用菌繁殖旺盛期 （2） 代料基质分离法 分离前，选择一批子实体发生早、产量高、菇体尚幼嫩且生活力强而无病虫害的栽培袋，待子实体将近成熟时，去掉子实体，然后用75%酒精将培养袋进行消毒后，在培养料下15cm处挑取03cm的培养料小方块组织，接入试管培养基的中央，置于恒温下培养。