1. 熏蒸消毒
常使用福尔马林(35%～40%甲醛溶液)对种蛋进行熏蒸消毒，具有成本低、操作方便、杀菌效果明显等优点，但要注意防止对人产生的伤害。
2. 药物浸泡消毒
对于被粪便、污物等严重污染的种蛋，可选用清水或含有一定数量药物的溶液对蛋壳表面的污物进行机械性冲刷。
3. 紫外线灯照射消毒
此法可以杀灭种蛋表面的大部分病原菌，一般选用40瓦的紫外线灯管对种蛋表面的不同部位进行照射。
4. 热处理消毒
先将种蛋放入室温在24℃左右的环境预热4～6小时；然后将孵化机的自动调节器关掉，使机内温度升高至30℃左右；再将预热后的种蛋装盘后置入调节好的孵化机内；最后打开孵化机的增温开关，使温度达到46℃，保持11小时后，关闭热源，打开机门，开动风扇，使蛋温快速下降至常温，按常规方法进行孵化即可。
