同时，生态环境部对外保留国家核安全局牌子。其主要职责是，制定并组织实施生态环境政策、规划和标准，统一负责生态环境监测和执法工作，监督管理污染防治、核与辐射安全，组织开展中央环境保护督察等。
国务院机构改革方案同时明确，不再保留环境保护部。
李干杰认为，这个方案明确把环境保护部的全部职责和其他6个部门相关的职责整合到一起，组建新的生态环境部，统一行使生态和城乡各类污染排放监管与行政执法职责。他表示，这个改革是党中央实现深化改革总目标的一个重大举措，是体现坚持以人民为中心发展思想的一个具体行动，是推进生态环境领域、生态文明建设领域、治理体系现代化和治理能力现代化的一场深刻变革和巨大进步。
改变环保“九龙治水”现状
按照以前的部门设置，在流域的环境保护上，环保部与水利部存在职能交叉;在土壤污染防治方面，环保部与国土部存在职能划分的问题;在海洋环境保护上，环保部与国家海洋局的权责界限并不明晰。此外，环保部与国家发改委在应对气候变化和减排，环保部与农业部在农业面源污染防治等方面均存在一定的交叉。
正是因为与其他多个部门在监管职责上出现了交叉重叠，环保部一度面临着比较尴尬的处境。
李干杰指出，长期以来，在我国生态环境保护领域，体制机制方面存在两个很突出的问题：第一是职责交叉重复，叠床架屋、九龙治水、多头治理，出了事责任不清楚;第二是监管者和所有者没有很好地区分开来，既是运动员又是裁判员，有些裁判员独立出来，其权威性、有效性也不是很强。
李干杰表示，“这一次的改革方案，我觉得很好地解决了这两个问题。从所有者方面来讲，已经完全打通了。山水林田湖草都统一起来。大家注意生态环境部的组建，从监管者的角度，把它统一起来。”
李干杰指出，在党的十八届三中全会审议通过深化改革的决定时就特别强调，生态文明体制改革一定要符合生态的系统性，即人与自然是一个生命共同体的理念。“人的命脉在田，田的命脉在水，水的命脉在山，山的命脉在土，土的命脉在树。如果种树的只管种树，治水的只管治水，护田的只管护田，就很容易顾此失彼，生态就难免会遭到系统性破坏。”李干杰表示，生态文明体制改革还强调一个观点，就是所有者和管理者要分开，所有者和管理者要相互独立、相互配合、相互监督。这一次的改革，非常好地落实了上述要求
