其一，不能施用生粪，必须腐熟和经过堆制转化过程。要将大量分散的原生粪尿堆制成合格的有机肥，一要技术，二要劳动力。当前农村缺乏壮劳力，生粪起出后，往往数月甚至半年堆积在村头路边，任其日晒雨淋，造成粪尿类肥料的氨气挥发和氮钾养分的流失和虫卵病菌的传播。等到了春季农业生产该用肥的时候，直接上到地里。这是不科学的做法，这种现象应该改变。
其二，适量施用。控制粪肥用量的做法，欧盟国家已提出了控量施用的规定。以英国为例，将施用量定在170吨（氮）/公顷之内。然而，近年来我国部分地区的蔬菜和果园生产中，每亩粪肥的施用量平均达到2吨以上，有的菜地还达10吨，这样盲目而普遍超高的粪肥施用量，造成了菜地养分蓄积和水体污染。由于粪肥富含有机氮，其分解的最终产物也是硝酸盐，同样会对水体和环境产生污染，粪肥还可能有重金属超标等问题。
因此，我国在高投入集约化经济作物生产中，应该应用测土配方施肥的技术，同时规范有机肥和化肥的用量。提倡有机肥与化肥配合施用。二者适宜的供氮量比例以各占一半为佳。
对于高投入高产出经济作物的施肥，要注意粪肥的控量施用，这是科学合理的。在养殖业日趋发达的今天，超量产出的粪肥应该向粮食作物的大田施用，这将有利于我国粮食生产的可持续发展和减少部分农田的有害气体排放。
其三，粪肥的制作除了发酵转化以外，还要调节碳氮比，添加秸秆的成分、加宽碳氮比，提高粪肥的改土功能。
总之，在农作物高产体系中，有机肥的施用只有合理才可持续，那些片面偏多的施肥观念并不利于优质、安全的生产。应该说有机肥与化肥的配合施用是一项科学施肥的策略。
