大菱鲆养殖过程中难免会携带细菌、病毒以及小瓜虫、纤毛虫、鞭毛虫等各种寄生虫，为了避免这些疾病交叉感染，鱼苗到场前要做好充分准备，给小苗创造一个干净良好的生活环境，只要新进鱼苗没问题，后期管理操作得当，鱼就非常好养。所以鱼苗质量及鱼苗到场前的准备工作很重要，按照17369模式管理操作，必须注意做好以下几点：
一、投苗鱼池的规划
如果新进的鱼苗与车间原有鱼混养，交叉感染的概率很高，原有鱼身上的病害会传染给小鱼苗，小苗抗病力很低，很容易得病，一旦传染上，苗就非常不好养。当然，鱼苗刚进来，也有可能携带病害并传染给大鱼。
所以鱼苗到场之前，必须做好投苗鱼池的规划，腾出一个车间，或者腾出几个鱼池。并把计划投苗的池子集中到一起，尽量在车间后面，并在鱼苗区和原有鱼交界的过道放一消毒盆，每天换次消毒液。
二、车间的清理及鱼池的消毒
首先将准备进苗的车间全部清空，将外插管、中心管、气线、进水扁嘴、气石、刷子等清出来，洗刷干净，并在太阳下暴晒。如果是纳米管，用稀酸浸泡6小时以上，然后用清水冲洗干净。
然后，车间所有鱼池，先用漂白粉泡一天，然后用稀酸和双氧水混合把鱼池洗刷干净。同时清理地沟，将地沟里淤积的沙子等杂物用水排冲走。
最后就是高位水池及车间水管的清理及消毒。先把高位池刷出来，车间水管内的水放干净，再将通每个池子的球阀关上，配好稀酸和双氧水，然后往高位池打水，并不断的往高位池里加配好的稀酸和双氧水，直到车间水管内水注满。浸泡两个小时后打开车间后面的排污阀将污水放出，如果车间后面没排污阀，就用鱼棚后面池子进水管排掉。再按上面操作用戊二醛将水管和高位池进行全面消毒。
三、 车间的消毒
车间清洗完毕后，要进行消毒处理，分别漂白粉消毒两天、欣碘消毒两天、福尔马林兑纤毛虫药消毒两天。消毒剂的用量如下：漂白粉：500ppm；欣碘：20ppm；纤毛虫药：100ppm；如果没有漂白粉，可用二氧化氯替代，50ppm。
首先选用一个鱼池，按照上述配比，配好消毒剂。然后用喷水全车间喷洒，包括池底、池壁、池沿、过道、顶棚、外插管的地方，做到不放过车间任何一个死角。
消毒顶棚时，要穿上雨衣雨裤，用甲醛兑纤毛虫药时要带防毒面具。第四天和第五天消毒工作做完后，晚上将所有池子放水至刚没过池底，每个池子加150ml的戊二醛，泡至第二天早晨，放掉，然后注入新水。
