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机械化秸秆直接还田，秸秆直接还田可增加土壤有机质含量、培肥土壤，对农业的一可持续发展有重要意义，此时建议在机械直接还田的基础上添加生物菌肥发酵剂与秸秆进行简单的混合还田，则可以显著降低感染病毒病菌、寄生虫、杂草种子等现象，并提高肥效。
秸秆肥料化，将秸秆进行堆肥，利用微生物的分解作用将大分长链的有机物转化为小分子的葡萄糖、氨基酸、脂肪酸等，并最终转化为可被植物、动物吸收和利用CO2，NH3，H2O及无机盐类等。利用生物菌肥发酵剂发酵堆肥产物作为有机肥料直接使用，将是今后秸秆高效利用的有效途径之一。
秸秆饲料化，秸秆通过青贮、氨化、膨化、压块和微生物发酵等多种方式制成饲料，用于养殖。
秸秆制生物蛋白，利用微生物分解纤维素并吸收分解产物为其生长营养，而后随微生物体的增殖，蛋白质的量增加。这样就可变废纤维素为饲料，甚至食品。将这项技术用于解决粮食短缺，会有很好的前景。
秸秆气化，使秸秆在缺氧的情况下进行燃烧，产生一氧化碳、氢气、甲烷等可燃气体，再通过输配系统，输送到各家各户，用于炊事用能。
以秸秆为原料养殖食用菌，利用秸秆中含有的丰富纤维素和木质素等有机物培育食用菌，既能获得较高的经济效益，其培养基又可作优质的有机肥。
工业原料，利用秸秆制造乙醇、淀粉等化学工业的原料。
但是尽管秸秆有上述种种利用途径，目前对纤维素资源的利用大约只占了地球上纤维资源总储量的0.5%。之所以利用率如此之低，主要是秸秆成分—纤维素水解为单糖这一关键性步骤受纤维素特殊的构造所阻碍。这不仅造成极大的资源浪费，甚至对环境造成污染。
