如果不对秸秆或粪料进行发酵处理，直接施用于土壤，则作物的病虫害会比较多，因为很多的虫卵和病毒、病菌都存在于秸秆和粪料中；
另外，还有杂草种子在发酵过程中也被消灭，以利于控制杂草。
由于未处理的粪料和秸秆中存在大量热源物质（如碳水化合物能量），如果不处理，直接施用于农田或土壤，则会在土壤中发热，造成烧根，农作物死亡等；
另外，秸秆的碳氮比太高，直接施到土壤中后，会在土壤微生物的作用下，争夺土壤中的氮元素来繁殖微生物菌体，造成与植物争氮的不好现象。
秸秆中虽然存在大量的氮、磷、钾、硫、镁………等肥料元素，但它们在秸秆中多以结合状态存在，如存在于木质素和半纤维素结构中，不能被植物吸收，又如以植酸磷形式存在，造成磷不能被植物吸收等，发酵就是要把它们释放出来，便于植物的吸收利用。
直接把秸秆还田，只能腐熟一小部分，速度太慢，所以如果不能加速秸秆的腐熟进程，则大量的秸秆无法进行合理处理，如果焚烧处理，则会造成空气污染，不利于环境。所以，从这一点来说，应该说市场上的腐熟剂其实就是秸秆腐熟加速剂，这种叫法更为贴切，以方便数量巨大的秸秆能尽快处理。
秸秆腐熟可有效提高种子发芽率。
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