天然天珠为九眼石页岩，含有玉质及玛瑙成份及晶体成分，为密宗七宝之一。史书记载为"九眼石天珠"，喜马拉雅山区诸国至今仍认为天珠是天降石。天珠，最早起源于藏民族对灵石的崇拜。卡若遗址、藏北那曲、双湖登地区曾发现了多处旧石器时代的遗址,这完全打破了藏民族是外来迁徙的传说。考古证明:藏族人民早在旧石器时代和新石器时代就创造了璀璨的史前文明，并在这现在的无人区等地方繁衍生息了。
我们知道天然天珠为九眼石页岩，含有玉质及玛瑙成份，那么我们看看玛瑙的形成:
玛瑙的历史十分遥远，大约在一亿年以前,地下岩浆由于地壳的变动而大量喷出,熔岩冷却时，蒸气和其他气体形成气泡。气泡在岩石冻结时被封起来而形成许多洞孔。很久以后，洞孔浸入含有二氧化硅的溶液凝结成硅胶。含铁岩石的可熔成份进入硅胶，最后二氧化硅结晶为玛瑙。在矿物学中，它属于玉髓类，是具有不同颜色且呈环带状分布的石髓。通常是由二氧化硅的胶体沿岩石的空洞或空隙的周壁向中心逐渐充填、形成同心层状或平行层状块体。了解玛瑙的成因和上文中有关天珠的传说，我们就明白早期天珠应该就是天然玛瑙的特殊一种(九眼石页岩，含有玉质及玛瑙成份)，因为它在地下岩浆由于地壳的变动而大量喷出时，所处的环境不同，形成了比普通玛瑙更加美丽殊胜的天然图腾，也就是最最早期的天珠。当然天珠有自己的标准，不是随便捡个有点点象"眼、线、方格"等图案的玛瑙就是天珠。"眼"要圆(包括椭圆)，线条要粗、图腾色泽要对比明显，而非玛瑙本身的暗纹替代的。
目前最常见的天然天珠就是药师珠，药师珠又称圆线珠，外形多为扁豆型的珠身，而珠身中间有一条白色的条纹，每颗药师珠的纹路都是天然形成的，属于天珠族群的一种。"药师珠"一名的由来，据说若在密封的小空间中，将药师珠握于手掌中心，令其珠体温度升高，一段时间后开启，则会自然散发出一股药香味道，因而得名。而传说中，药师珠还有疗病与避邪的功效
