补充菌种是发酵床管理的基本操作，但什么时候补充什么时候不补充，主要看床面发酵情况，或者说闻气味等来判断等，发酵床补充菌种的成本比较少，所以，建议平时多补充点，比如在夏天，由于天气热，发酵床表面经常会干，所以，几乎每天都要在表面洒点水，在洒水的同时，可以在水中加入2%左右的发酵床菌液，一个20平方米的栏大约需要15公斤左右，其中发酵床稀释菌液才0.3公斤，每个月才10公斤发酵液用量，成本才3元之内，所以，建议夏天经常补充发酵液的稀释液。
冬天由于床面不容易干，所以，靠闻味，如果气味不好，则可能需要补充菌种了。
补充菌种实际上是一种保持发酵床微生物活力的方法，还可以通过补充垫料（垫料中加菌种）、翻耙一下垫料（补充空气进入）等来活化发酵床。
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