1.产生大量菌丝的发酵床并非分解粪便的功能好
这样的发酵床缺少微生物之间的协同合作，如果料层中布满菌丝，则这是一种非常霸道的，排他性的生长方式，基本排除其他微生物的生长（至少在产生密布的菌丝的这一层是这样），所以，这一料层中只有这一种或几种功能相似的产生菌丝的微生物菌体（如放线菌，真菌等），但分解和同化粪便的微生物，并非是真菌的特长，而同化氨氮、尿酸等粪便中小分子的成分，往往是细菌的特长，当然还有放线菌，说到底，这需要各种微生物之间的分工协作，即形成一个强大的微生态平衡的环境，才能最有效地分解粪便和同化粪便中的成分，产生最多的菌体蛋白。
2.产生大量菌丝的发酵层影响发酵床的使用寿命，也影响粪便分解同化的功能。
微生物的发酵过程需要频繁的物质交换，水分子和空气的通畅对流，而布满菌丝的发酵层是严重影响物质交换的，形成物质交换的屏障，形成板结。从而影响到粪便的进一步分解利用，这时候不得不利用人工进行铲料翻耙，也就是破坏这些菌丝形成的物质交换屏障，才能使发酵床进一步发挥作用。
3.产生大量菌丝的发酵层垫料耗损比较大，经常需要补充垫料。
真菌菌丝分解大分子的功能比较强，在好氧状态下，可以把垫料部分分解，这就造成垫料的损耗，用木屑的情况好一些，因为木屑的木质化程度高，真菌一下子不能分解它，这也是为什么我们强调要使用惰性大一些的物料作为发酵床的主要原料的原因之一。
农富乐发酵床菌种制作的发酵床则具有优势，基本上只能粪便进行分解同化，对发酵床使用的垫料（木屑等）分解较少，所以，使用寿命更长，补充的频率更少，产生的菌体蛋白质更好消化，适口性更好，气味更香，猪舍也更加不臭。
好的状态是，发酵床中层有少量菌丝，但菌丝之间不连接成片，更不连接与板结状态，好只是放线菌和假丝状酵母菌的松散状态的菌丝，即菌丝间连接不紧密为好。细菌则是主要的分解同化粪尿的主力军，由于细菌多有鞭毛，在低渗透压环境中活动能力强，渗透力强，（分解同化粪尿主要是在低渗透压的游离水溶液中进行），农富乐发酵床菌种中的细菌酵母等的附着力也强，可以强力附着在垫料表面进行作用，真菌放线菌等则由于含有高分子酶的能力，可以深入垫料内部，为细菌酵母提供少量可利用糖类和氨基酸，此时四大类菌种协调合作，起到大的分解和同化粪尿的作用。
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