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细菌性病害是不同于真菌性病害的另一类植物病害，在温室栽培番茄经常发生。危害比较严重的有番茄细菌性角斑病、叶枯病、青枯病、斑点病、溃疡病、软腐病、缘枯病等。
细菌性病害，几乎全为土传性病害，在防治上应严格实行土传病害的综合防治措施。植株一旦染病，多是整株染病，且病情发展迅速，很快致死。因此要注意随时观察，一旦发现病株，立即清除深埋,防止其散发病菌，传染其他病株。同时要对尚未表现症状的番茄秧立即喷药预防和治疗。
在化学防治上,对细菌性病害用药，长期以来，多用农药链霉素、可杀得、甲霜铜等。由于长期使用此类药品，多数细菌性病害已经对其产生抗药性，再用这类药防治，效果会很差。可改用中草药制剂，青枯立克倍、大蒜油1000倍加有机硅灌根或者喷雾防治。细菌性病害发病时应及时不间断用药，连续用药3-5次，方能有效的防治。中草药制剂不同于化学药，可连续使用没有抗药性，累积使用效果更佳；且安全性高，可缩短间隔期用，不会产生药害。
以番茄青枯病、溃疡病、髓部坏死病细菌性病害为例，分析病害症状跟防治方法。
番茄青枯病最明显的特征就是：上部叶片萎蔫，继而下部叶片萎蔫，最后中部叶片萎蔫；初始白天萎蔫，夜晚恢复，2--3天后，不再恢复，植株枯萎死亡。维管束变褐色，挤压后有白色液体渗出。
番茄溃疡病多成株染病，发病时期下部叶片向上纵卷，出现萎蔫，最后叶缘枯黄，叶脉间变黄，但不脱落。髓部中空腐烂，有臭味散出，严重时植株枯死。
番茄细菌性髓部坏死病，嫩叶退绿，严重时，植株上部叶片萎蔫，下部茎坏死，纵剖病茎，髓部变褐色坏死，坏死部位多发生不定根，严重后就枯萎死亡
防治措施：如果已经发病，需立即对病株灌药，并对全温室植株进行喷药预防病害蔓延，重病植株拔出室外深埋。用药如下：预防方案 青枯立克30-50ml+大蒜油5-15ml +沃丰素25ml兑水30斤定期喷雾。治疗方案：靓果安70-100ml+大蒜油5-15ml+沃丰素25ml+有机硅兑水30斤连喷2-3次， 3天喷施1次，病情严重的复配其它化学药，控制后改为预防。
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