1.企业注册商标风险增加
组合申请风险更大，分开则反之。对于中文商标、字母商标和图形商标组合的商标，商标局会将其拆开来分别审查，只要有一个元素和别人商标中的相同元素构成相同或近似，就会将该枚商标整体驳回。如：要注册“倍克beikeer及图形”，但存在“北科beiker及图形”，英文部分近似，整体驳回。
2.企业注册商标使用不便
组合申请使用不方便、不灵活，分开则反之。若组合申请，则使用时必须组合使用，不能拆分，不能换位置，绑定死了；而分开申请则非常灵活，可独立用，亦可随意组合用，如：NIKE、图形、耐克，可以分开，可以组合，对于包装，门头，产品上用都非常方便，如果组合申请，在鞋子上使用就非常大一块，也不美观。
3.企业注册商标时间增加
组合申请的商标其审查速度比单独申请的商标相对较慢，因为每部分都要分开审查，而单独申请则互不影响。
组合申请费用少，单独申请费用多，组合申请为一个商标是一份的钱，分开申请就要花几份钱。虽然表面成本增加了，但是实际使用过程中产生的无形效益要远远大于分开注册的这笔费用。
因此，单独注册的商标在使用时非常灵活：既可以分开使用，又可以组合使用，在大大提高注册成功的几率的同时，又能增强商标在注册成功后的商标防御能力，分别提出注册后，三个部分都独立而显著，一旦遇到侵权行为，便于维权。
