黄烟上为害较重的病害是青枯病和黑胫病，烟草黑胫病在苗床及大田均可以发生，特别是团棵旺长前后发病普遍。烟草黑胫病主要危害根系和烟茎基部，特殊条件下可以直接侵染叶片和茎杆。苗期发病时,首先在烟株茎基部产生黑斑,或从底叶发病向上蔓延到茎苗床湿度高时，病斑上布满白毛,并迅速传染附近幼苗,造成幼苗成片死亡。大田发病时，发病部位主要为茎基部和根部，受侵染部位变黑。病株叶片自下而上变黄、萎蔫，最后整株死亡。黑胫病俗称“黑根”、“烂腰”、“黑杆疯”，发病时茎基和根部变黑腐烂，影响水分和养分的运输。烟草青枯病又称“烟瘟”、“半边疯”，是一种细菌性的急重病害，细菌侵染维管束幼嫩部位，致其维管束功能损坏，不能有效传输养分、水分，产生整株青枯萎蔫或半边萎蔫半边正常的现象。两者经常混合发生，为害更为严重。
烟草青枯病和黑胫病的发病规律：
1、高温、高湿环境下发病重。
2、前茬作物为茄科类（番茄、茄子、辣椒）的发病重。
3、黏土地、排水不良的发病重。
4、偏施氮肥发病重。氮肥施用过多纤维产量少，细胞壁薄，茎杆柔弱，易受机械损伤和病菌侵袭。
烟草青枯病和黑胫病的防治难点在于：
1、多数药剂不具备传导性，难以将杀菌成分输送至患病部位。
2、传导功能受损，杀菌不能解决生理功能受损问题。
3、对于这些发病急、重的病害需要采取重治手段（包括提高用药浓度、连续用药），但用药不当很容易造成药害或形成抗药性。
小檗碱（青枯立克）是经过南京国环有机产品认证中心认证的有机产品，符合绿色有机标准。作为一种有机中草药杀菌剂，其在防治黄烟青枯病和黑胫病的防治要点主要包括：
1、在黄烟苗期、团棵期、旺长期立体化预防，利用中草药传导性好、医养结合的特点，杀灭土表和植株内部潜藏的菌源，并且为植株补充中微量元素、氨基酸类、多糖类等营养物质，增强免疫力和抗逆性。
2、见症的采用灌根、喷雾方式，杀灭病菌，修复受损细胞，打通维管束的传导功能，达到解除病患的作用。
3、划分病健区。病区、周边病株（有可能是隐形病株）、下水头为可能蔓延区，要提高用药浓度。其他地区为健康区，采取健康区普防，病区早防、重防，有针对性地防治。小檗碱青枯立克与植株亲和，50倍以上不会产生药害，可提高浓度控制病害。
4、对于青枯病等细菌性病害，病菌繁殖快，要连续用药，一天一次，连喷几天。中草药制剂可连续用药，有累积效应，不会产生抗药性。
5、综合管理。施用有机肥、生物菌剂，利用生物菌剂抑菌拮抗原理，杀灭病菌，改良土壤通透性，提高土壤地力。
烟草青枯病和黑胫病的防治方案：
苗床消毒：苗床使用青枯立克200倍喷雾灭菌。
团棵期：使用青枯立克150倍+沃丰素600倍喷雾或灌根1次
夏季来临前：使用青枯立克150倍+大蒜油1000倍+沃丰素600倍喷雾。
发病时：青枯立克60-100倍+大蒜油1000倍+沃丰素600倍+精甲霜灵或甲基硫菌灵喷雾灌根3次左右，每次间隔3-5天。
备注：大蒜油苗期慎用。
