在选择益生菌产品时，应该依据产品的质量和作用进行选择，好的益生菌产品应该标明产品中所含的所有益生菌的菌株名称和活菌总数量；每种菌株可以从专业资料库中查到背景信息，菌株的安全性和功效应有充足的证据，是做过人体临床试验，其效果经过验证的；菌株可以定殖到肠道，对人体微生物具有有益作用；含有多菌株的产品，效果要优于单菌株；添加益生元的优于不添加的产品。
益生菌虽然对人体有益，但也要控制在合理的范围内，“益生菌并不是越多越好，人体共生微生物是由数百种微生物组成，它们之间构成了一个微生态系统，各种微生物之间彼此共生，比例合适，达到平衡是的状态。就像一个国家，各种职业的人比例合适才能维持稳定，高效运转。
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