鸡的肠道疾病通常包括:鸡球虫病、肠毒综合症、非特异性肠炎（又称落菌综合症）。
鸡球虫病
鸡球虫病的治疗主要是消除消化道与肠道的炎症与球虫的存在，球虫病主要由堆形艾美尔球虫、巨型艾美尔球虫、毒害艾美尔球虫和柔嫩艾美尔球虫等7种公认的球虫引起。
药物防治
药物是防制球虫病的主要手段，如何选择、抗球虫药物是影响防治效果的关键。
选择敏感的抗球虫药物
不同的药物对同一种球虫作用效果不同，不同种的球虫对同一种药物敏感性也不同。选择药物时，首先要根据临床症状、剖检变化和球虫的寄生部位判定球虫的种类；其次是了解抗球虫药物的活性高峰期，针对性选择活性高峰期在1-3d的预防用药，如氯苯胍、氨丙林等，治疗多选择活性高峰期3d以上的药物，如球痢灵、磺胺类等，比较综合的复方药选择克球金刚。
制定科学用药方案，延缓耐药性的产生
生产实践中综合用药最常用、最有效的，即轮换用药与穿梭用药综合使用，第一批鸡用2-3种抗球虫药物穿梭应用，第二批鸡用化学作用原理不同的其他抗球虫药物。新的抗球虫药物在初期应用效果较好，但应与其他抗球虫药物穿梭应用，并用于防治的关键时期。应用药物时，还要注意饲料中抗球虫药物的种类、含量，以防中毒或无效。
鸡坏死性肠炎
发病因素
引起坏死性肠炎的因素很多，但产气荚膜梭状芽孢杆菌是导致坏死性肠炎的一种普遍存在的厌氧性微生物。在一定的条件下，这种微生物能在肠道中繁殖，产生毒性较强的毒素，家禽对毒素很敏感。
产气荚膜梭状芽孢杆菌在鸡肠道中增殖的诱因有以下几种。亚临床型球虫病对粘膜造成损伤，使得梭状芽孢杆菌能够粘附到肠粘膜上并在此进行繁殖；饲料中淀粉和蛋白质的含量过高，导致肠道中有未消化的饲料存在；消化酶的分泌紊乱，使得消化率降低、肠蠕动减慢，因此促进了梭状芽孢杆菌的繁殖；④当使用小麦、大麦和燕麦等作为能量饲料来源时，我们发现鸡坏死性肠炎的发病率要比玉米作为能量饲料高。
菌群的平衡发生改变，梭状芽孢杆菌在消化道前段大量增殖，导致发生坏死性肠炎或死亡。由于胆管连接着胆囊与肠道，梭状芽孢杆菌可能会转移到肠道上部而进入胆管，随后阻塞胆囊或进入肝脏，导致上述症状出现。
治疗措施
常用的抗生素有青霉素、新泰乐（磷酸盐）、维吉尼霉素、泰乐菌素、氨苄青霉素、杆菌肽、利高霉素、林肯霉素、卡那霉素、庆大霉素等，市场上最为综合的复方用药建议选择普倍健。
由于魏氏梭菌抗药性很强，所以要迅速治愈，减少死亡和经济损失。做法应是首先采取综合防制措施，并按常规用药治疗，同时迅速采取病料做细菌培养、药敏试验，选用高敏药物进行治疗，才能收到满意效果。
由于鸡坏死性肠炎易与鸡球虫病合并感染，故在治疗过程中可适当加入一些抗球虫药如克球金刚。
鸡的菌落失调症
鸡菌群失调症的病因尚不清楚。但我们发现盲肠和小肠中包括产气荚膜梭状芽孢杆菌的很多种类的梭状芽孢杆菌的数量都增加。病毒分离结果表明，盲肠和小肠中也存在很多种病毒，如呼肠孤病毒、传染性支气管炎变异株病毒和传染性法氏囊病病毒。患菌群失调症的鸡宰后发现肠稍有臌气，肠道内容物呈水样，十二指肠内侧有很多组织碎片和黄色的粘液，肝脏出现轻微的黄疸，可能是胆管被梭状芽孢杆菌堵塞引起的。
.综合性用药---新肠泰
、代替新霉素，用于各种肠炎、非病毒性腹泻引发的肠道疾病，纯中药提取物萃取融合而成，无任何副作用、无药残。可与其它药物同时使用。
2、快速增加有益菌，建立优势菌群，提高家禽免非特异性疫力，提高饲料转化率。
3、用于家禽，前期开口使用，促进肠道发育，保证群体整齐度高，降低料肉比，解剖可发现肠道比不使用的群体肠道更长，肠壁更厚。
4、针对幼雏垂直传播带的沙门氏菌，鸡白痢等细菌性疾病效果显著。
5、降低应激，提高自身抵抗力，降低因外部应激导致的疾病和生产功能下降。
