科学家与神学家的争论大约持续了300年。文艺复兴时期，几个早期自然科学家，著名的达芬奇论及到化石的问题。他坚决主张，洪水不能对所有化石负责，也无法解释化石出现在高山上。人们肯定地相信，化石是古代生物无可置疑的证据，并认为海洋曾覆盖过意大利。他认为，古代动物的遗体被深埋在海底，在后来的某个时候，海底隆起高出海面，形成了意大利半岛。
在十八世纪末和十九世纪初，化石的研究打下了牢固的基础，并形成一门学科。从那时起，化石对于地质学家越来越重要了。化石主要发现于海相沉积岩中，当海水中沉积物如石灰质软泥、沙、贝壳层被压紧并胶结成岩时，就形成了海相沉积岩。只有极罕见的化石出现在火山岩和变质中。火山岩原来是熔融状态，它的里面是没有生命的。
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变质岩经历了非常大的变化而形成的，使得原始的岩石中的化石一般都化为乌有。然而，即使在沉积岩中，所保留下来的记录也只是史前动植物的很小一部分。如果考虑到形成化石这一过程所需要的苛刻条件，也就不难理解为什么沉积岩中所保留下来的也只是史前动植物的很小一部分。每一个化石都有自己的历史价值。
1984年在中国出土一件有6500万年的历史的“恐龙蛋窝”化石。本“恐龙蛋窝”化石出土之后，几经辗转流失到中国境外，此件“恐龙蛋窝”化石包含22枚盗蛋龙恐龙蛋，其中19枚恐龙蛋中可见初具雏形的恐龙胚胎。2003年，一名美国收藏家在美国公开拍卖会上以42万美元将其买下，后经多方交涉无偿归还中国。这也是中国政府首次通过外交途径追索流失国外的古生物化石。
化石近几年成交记录：
清·吳讓之刻昌化石汪鋆自用---成交价：389万 成交日期
三叶虫化石-成交价：372万 成交日期
翼龙蛋化石-成交价：365万 成交日期
清·黄士陵刻昌化石俞旦自用---成交价：587万 成交日期
清１８/１９世纪石灰石化石---成交价：219万 成交日期
木化石摆件-成交价：155万 成交日期
明·青石束腰底座连木化石-----成交价：364万 成交日期
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一个珍贵的恐龙骨骼化石将以1000万美元的天价拍卖，该化石中保存着两只恐龙的“致命搏斗”。化石中保存着0.68亿年前矮暴龙和三角龙的骨骼，显示两者均严重受伤终同归于尽。令科学家惊异的是，食肉性矮暴龙的一些锋利牙齿嵌入三角龙的头部之中，而矮暴龙的头骨和胸腔骨骼被食草恐龙三角龙压碎。
中国古人类学研究取得重要进展，位于安徽省池州市东至县境内的华龙洞古人类遗址挖掘发现出土直立人头骨化石以及部分人类头骨残片和牙齿，并采集了6000余种动物化石。
20日，中国科学院古脊椎动物与古人类研究所、安徽省文物考古研究所、安徽省东至县文物管理所联合对外发布这一华龙洞遗址考古发掘新成果。
据介绍，华龙洞是继周口店、蓝田、和县、上海之后，在中国发现的又一处重要的包含有头骨化石的直立人(猿人)化石地点，标志着近年中国古人类学研究取得的一项重大进展。
华龙洞，2006年被初步发掘，发现1枚人类牙齿、1件人类额骨残片化石和一些哺乳动物化石。2014年至2015年，两次发掘出保存得更完整的古人类化石。根据对发现的古人类化石形态初步观察并结合对动物群组成的分析，可以确定华龙洞发现的古人类化石属于直立人。
