上海自贸区境外投资备案办事流程主要为：

申请人登陆 “中国.上海”门户网站“试验区投资办事直通车”或中国（上海）自由贸易试验区门户网站，在线填写《境外投资备案申请表》，并按要求准备办事材料。申请人可将办事所需材料直接递交试验区综合服务大厅投资管理办事窗口，也可在系统中上传扫描件，并在领取相关证书时提交纸质材料。如材料齐全且符合法定形式，根据试验区网站或窗口提示，在指定窗口领取证照。办理期间，申请人可登陆上述网站实时查询事项办理状态。