比如，很早以前，古生物学家认为那些巨大的远古蜥脚类生活在水中，只有依靠水的浮力才能托起它们庞大的躯体。1938年，美国得克萨斯州发现了大批的巨龙类足迹，从而否定了学者们先前的推测。足迹清楚地告诉人们，即使是巨大的蜥脚类，也完全可以利用四肢来支撑身体，在陆地上行走。很早以前，古生物学家也不能确定恐龙是否群居。同一种类的骨骼化石聚集在一起，大多数是因洪水冲积。美国生物学家奥斯特罗姆通过观察鸭嘴龙的足迹，发现这些鸭嘴龙是群居的，且具有一定的社会性。此后陆续发现的大量恐龙足迹群也证实了这一点。
虽然长期以来古生物学家已经对足迹化石发表了大量研究，但对这些远古动物留下的脚印，学界仍有一些争议。有人认为，足迹化石并不是动物主体，而只是留在沉积物上的痕迹，它们只有地质学上的意义，如鉴定地层是否逆转和足迹形成时的地质时代，提供古地理学、古生态学方面的信息；另一派观点则认为，足迹化石在生物学上具有重要的意义。“我觉得这两方面观点都有道理。足迹化石确实可以反映地层条件，这在前寒武纪非常重要。事实上，前寒武纪和寒武纪的界限就是用一种遗迹化石作为标准的。所以说，遗迹化石具有地层学意义是肯定没有问题的。”陈哲说道，“同时，足迹化石也具有重要的生物学意义。比如我们此次在三峡地区发现的埃迪卡拉纪足迹化石，是断断续续的两排足印，而不是两条拖痕。我们就可以依此确定它是有足的动物。而此前报道的绝大多数埃迪卡拉纪动物都是固着的、不会动的，或者一些能留下拖痕的蠕虫类。这就是足迹化石的生物学意义。”
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之所以会存在这种争论，陈哲认为，关键在于足迹化石往往不能确定是具体哪一种生物留下的。“恐龙还好一些，当我们对某一种动物的特征了解得非常透彻时，我们也许可以把一块足迹化石和某一种动物对应起来。但对于一些动物，比如各种各样的虾、蟹来说，它们的足迹都差不多。所以我们只能判断出一大类动物，但很难具体到某一种生物。”“此外，同一种生物在不同时期或者不同环境中，也可以造出不一样的足迹。这就给足迹化石和造迹生物的一一对应造成了困难。不像我们看到一个实体化石，就立刻能很清楚地看到这种生物长什么样。”殷宗军补充说，“但在前寒武纪和寒武纪底部，化石记录非常稀少，我们并不清楚早期动物长什么样，所以对那个时候的足迹化石，我们只能通过类似的现生动物足迹来推测。”
古化石价格，如果足迹化石和足迹主人的化石能够同时出现在一个地方，这个问题或许就能迎刃而解了。但遗憾的是，造迹生物和足迹化石往往很难保存在同一个地方。“两者的埋藏环境有着显著不同。比如，页岩里能够保存很多软躯体动物的化石，但这种软泥对足迹化石的保存就不太友好了。足迹化石的保存需要稍硬一点的环境，比如砂岩，但如果动物死在孔隙率较高、含水较多的砂岩中，就比较容易腐烂。”虽然伴随着争议，但史前足迹仍成为了近年来古生物学家热衷研究的对象，发表的研究结果越来越多，也越来越引起人们的关注。
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“至少在前寒武纪时期的遗迹化石领域，研究是越来越热了。”陈哲介绍说，“因为前寒武纪已经发现有埃迪卡拉纪生物群的化石，古生物学家认为这些动物长得像有足动物，而且是两侧对称的，但怎么能证明它会动呢？如果它们会动，就会留下足迹。所以现在足迹化石在前寒武纪化石研究中越来越受到重视，研究也越来越多。”以前，古生物学家们也在世界范围内发现了一些前寒武纪的足迹化石，但大部分都比较简单，个头也很小，大概都在一厘米以下，比如蠕虫类的爬痕。“发现了之后，大家也具体说不上来它是哪一种生物，只能说是一种会动的生物。所以原来的报道少，引起的关注也少。”陈哲说。
古化石图片，随着足迹化石的发现，其保存与保护也成为人们关心的问题。对此，陈哲更倾向于原地保存。“在三峡地区发现的足迹化石，我们就力争原地保存。如果某一个化石面上的化石比较多，我们会将原始层面的一半揭掉，带回来作研究，另外一半留在原地，如有研究需要，我们可以再去当地看，或者做成模型带回来。”对于未来足迹化石的研究，陈哲期待古生物学家能与现生生物行为学的研究专家的跨领域结合能够更加深入。“足迹化石本身就是动物行为学和古生物学交叉的领域。现在，大家也开始慢慢意识到这个问题了。如今，一些现生生物行为研究专家，会在实验室中进行大量的实验，比如让不同的虫子在各种泥、沙介质上爬，从而研究它的足迹形态特征，或者到海边沙滩去拍摄生物足迹，然后与一些足迹化石进行对比，推测这种足迹可能是由什么动物形成的。在这方面如果我们能有更多的合作交流，足迹化石的研究会更深入。”陈哲说。
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