施用生物菌有机肥有诸多好处:
生物菌喷洒入动物粪便和各种肥料中后，可迅速繁育，发生大量的有益活体生物菌，能刺激根系的生长发育，促进扎根，使番茄根系发达。并能在根系周围形成菌层，抑制并杀灭土壤中的有害菌类(真菌、细菌、植物病毒)，显著减少土传病害发生。大量的有益生物菌还能释放已经被土壤固定的肥料元素，供根系吸收利用，减少肥料施用量，提高肥料利用率。
生物菌繁育过程中会吸收大量的速效无机氮、磷、钾等肥料元素，把无机氮等肥料元素变成菌体，转化成有机质，生物菌在繁育过程中新的菌体不断发生，老的菌体不断死亡，变成腐殖质(即胡敏酸、富里酸和胡敏素)。从而把速效无机态肥料元素转化成有机态缓释肥。可显著减少植物体中的亚硝酸和亚硝酸盐的含量，利于提高产品质量。
腐殖质对士壤性状和植物的生长状况有多方面的影响。它具有较强的黏着性能，能够把分散的士粒黏结成团粒，促进团粒结构的形成，增加土壤的孔隙度，改善土壤的理化性状，调节土壤的水气比例，使土壤的三相(固相、液相、气相)比例和理化性状更趋合理。从而提高土壤的保水保肥能力，改善了土壤的通气性能，进一步促进土壤微生物的活动，并使土性变暖。
它不但能不断地分解释放氮、磷、钾、钙、镁、硫等矿质元素和水分供番茄根系吸收利用，促进生长发育；还能释放大量的二氧化碳，为番茄叶片光合作用提供原料，促进光合效能的提高。
腐殖质在土壤中呈有机胶体状，带有负电荷，能吸附阳离子，如NH4+、K+、Ca2+等，提高土壤保肥能力。
