堆肥发酵剂菌种是采用生物菌的原理进行发酵一些动物粪便，糟渣，秸秆腐熟一类的作为有机肥料。经过益加益发酵剂发酵之后的微生物肥料是利用微生物的生命活动来增加土壤中的有效氮素或有效磷、钾的的含量或将土壤中一些作物不能直接利用的物质，转换成可被吸收利用的营养物质。利用有效活菌及其代谢产物，调解植物生长、增加作物产量、改善作物品质，改良土壤，抑制土壤中病原菌的活动，保护生态环境，减少农业污染。
益加益生物菌肥发酵剂中含有的地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、嗜热性侧孢霉是该肥中重要的微生物生物，能够在土壤环境中大量繁殖生长，分泌蛋白酶、纤维素酶、半纤维素酶等，从而大量分解秸秆粗纤维和半纤维素，产生极大的热量，杀死有机物料中存在的病虫害、虫卵，以及有害病菌等，同地，消耗秸秆等有机物料中的热量，产生腐殖质，起到螯合矿物质元素的作用，从而提高常量元素、微量元素、和氮磷钾等肥效，起到保肥增效的作用；
与此同时，这些微生物还分泌类抗生素物质，如地衣芽孢杆菌分泌的抗菌肽类物质，枯草芽孢杆菌分泌的枯草菌素、制霉菌素等，对有机物料中存在的病原菌有较强的拮抗作用，有效地防治相应的植物病害。
经过充分发酵的有机生物肥料中，由于含有的嗜热性侧孢霉的菌丝体能够与土壤中的有机质形成稳定的团粒结构，从而充分发挥其松解土壤、降盐碱、增加土壤通透性、提高地温、防寒防冻、保肥保水、培肥地力的作用。
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