“全项彻查”是指在一定时间内集中相应的专业监管和执法办案力量，有计划地对高风险食品企业进行突击性、全方位、全过程彻底检查，从而在及时发现和有效处置食品安全隐患的同时，对违反涉及上海自贸试验区市场监管局职能的其他各类违法违规行为依法进行综合处置和有效制止的监督检查方式。
将涉及高风险人群、高风险业态、高风险品种和高风险活动，社会公众普遍关注的本辖区食品企业，列入全项彻查范围。企业包括但不限于：食品、保健食品、食品添加剂生产企业（食品生产环节），集体用餐配送、中央厨房、学生食堂集中配送企业（餐饮服务环节），经营婴幼儿配方食品、乳制品、熟肉制品、现场制售食品、熟食卤味、散装食品等高风险品种（食品流通环节）的大型超市，重大活动食品安全保障企业（关键环节）。
上海自贸试验区市场监管局按照高风险食品企业的不同类别和风险特征，分类制定《食品企业全项彻查工作标准化操作指南》，涵盖16个环节46个项目。项目以食品安全监管为主，包括但不限于许可证照、原料采购、过程控制、成品检验、标签标识、库存运输、不合格品处置、废弃油脂处置等内容。同时涵盖工商行政管理、质量技术监督、价格监督检查等职能项目，包括但不限于企业遵守反不正当竞争、计量器具、特种设备、价格等法律法规情况。现在，在高风险食品领域，上海自贸试验区监管部门对上海农产品批发市场上门检查提高到每天1次，每周至少一次在夜间开展生猪产品质量快检。全区数万台电梯从原来的低抽检率提升到每年2-3次。实现对万余家特种设备使用单位的全覆盖日常监管。
