海关特殊监管区域是经国务院批准，设立在中华人民共和国境内，赋予承接国际产业转移、连接国际国内两个市场的特殊功能和政策，由海关为主实施封闭监管的特定经济功能区。海关特殊监管区域有保税区、出口加工区、保税物流园区、跨境工业园区、保税港区、综合保税区多种模式。保税区在关税、进出口税以及部分监管措施上实行了特别安排，比如境外货物入区免税或保税，区内生产交易免增值税等。
自贸试验区的主要任务和目标不限于传统保税区的一般做法，不拘于一般开发区的内容框架，以制度创新为核心，通过带动投资、金融、贸易、政府管理等一系列制度创新，建立与国际通行规则相衔接的投资贸易制度体系、深化金融开放创新、加快政府职能转变和构建开放型经济新体制，其实质已超越了海关特殊监管区域的功能定位。
