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食品经营许可证和食品流通许可证本质上没有区别。
为全面贯彻落实《中华人民共和国食品安全法》、《食品经营许可管理办法》等法律、法规及规章要求，国家食品药品监督管理总局决定自2015年10月1日起，正式启用《食品经营许可证》，食品流通许可和餐饮许可合并为食品经营许可。
食品流通许可证是以前，做食品批发、零售需要办理的。食品经营许可证是包括不需要拿食品生产许可证的小作坊、餐馆、糕点铺和经营批发、零售的商店等。区别是以前的流通许可证不包括加工，而经营许可证是合并了卫生许可证和流通许可证，是范围大小问题。
