发酵纯秸秆类做有机肥，需要注意一个碳氮比的问题。一般秸秆类发酵有机肥碳素过高，不利于发酵，即使发酵完成，所生产的有机肥仍然碳氮比过高，如果施于农田，则可能产生土壤中的微生物与农作物争夺氮素的现象，造成农作物幼苗生长不好的缺点，例如麦苗会因缺氮而黄化、瘦弱，生长不良。
碳氮比的解决方法：在每立方米秸秆中加入5公斤尿素一起发酵，尿素先溶解于水中加入；或加入5公斤磷酸二铵；或者加入50公斤一周内的动物粪尿都可以达到很好的调节碳氮比的效果，再加入微生物生物菌肥发酵剂；即每吨秸秆加入10公斤左右的尿素或者二铵或者是100公斤左右的粪便。
操作方法：
1.一包益加益生物菌肥发酵剂可发酵处理1吨左右秸秆类物料。，为了提高发酵效率，可提前激活菌种（一包生物菌肥发酵剂加一公斤红糖十公斤水配置成菌液再用）。
注：量大无需激活，直接拌入辅料使用，前提是量大容易形成微生物菌群生态系统。
2.首先把生物发酵菌剂和5公斤米糠（或玉米粉、麦麸、薯粉、麦粉、谷粉等）混合，制成菌剂混合物备用，目的是便于搅拌均匀；
3.秸秆类不容易搅拌，建议采取铺一层撒一层的方法，铺一层秸秆混合物，放一层菌剂混合物，再淋水湿透，再洒上磷酸二铵或尿素或一周内的粪尿（也可将这些无机肥事先溶解到水中洒入），简单耙拌一下，含水量调制70%左右；如此反复操作，直到铺完全部1000公斤料为止；简单薄膜覆盖上层，一般48小时温度会上升到70℃并持续较长时间，第3～10天松料和加水一次，进行简单切碎的物料一般6～15天左右完成，未切碎的物料需要20～25天完成发酵，但建议如玉米秸秆、木薯杆等较粗的材料进行10厘米左右的切碎后发酵。防雨方法同上；
