马粪不发酵直接施肥是可以的，只是可能效果可能不好。
1. 第一是如果不处理，直接用做植物的肥料，会造成烧根，马粪尿中大量的碳氢能量会在土壤中大量发酵，产生高温，并烧坏植物根系，这是物理性烧根。还有由于粪尿中的高浓度矿物质肥素，造成根系局部渗透压过高，从而造成植物根细胞脱水，甚至死亡，造成生理性烧根。而通过发酵，可以螯合化肥料元素，形成初步的缓释肥效，减少生理烧根现象；
2. 第二是如果不处理，直接施于土壤，则由于残留在粪尿和秸秆中的寄生虫卵大量繁殖，直接对植物本身造成危害，造成当年减产；
3. 第三是残留在粪尿和秸秆中的植物病毒和病菌，大量入侵植物细胞，造成植物病害，直接减产和危害田间生态环境；
4. 第四是如果不对它们进行处理，残留在这些物料中的杂草种子会大量发芽生长，增加人工清除杂草的劳动强度，同时，与农作物争夺土肥；
5. 我国农民古时就知道对秸秆和粪尿自然堆肥处理，但自然发酵的时间非常长，长达3个月到6个月以上，而现代农业，往往一年种植两茬甚至三茬，而两茬作物之间的时间只有不到2个月，所以，必须使用人工菌种加快秸秆和粪尿的腐熟进程，这也是生物菌肥发酵剂出现的科学合理的一面。
使用菌肥发酵剂发酵马粪方法：首先将菌肥发酵剂加5公斤的玉米粉或者麦麸等搅拌均匀制成菌剂，因为是纯粪便所以需要加入大约粪便量的30%的秸秆疏松透气，先将菌剂混合物和秸秆混合再和马粪混合，边搅拌边洒水，水分控制在50%即可。如果发酵量大可采用铺一层撒一层的方法，铺一层马粪，撒一层菌剂混合物，再撒一层的秸秆，撒一遍水，如此反复，直至铺完为止，然后堆放起来发酵3-5天即可。
成功现象：发酵好的物料上有白色菌剂，而且已经没有马粪的臭味，有一股淡淡的酸香味。
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