关于杀菌锅的加热方式已经说了那么多，下面说一下它的结构，在结构上分为单层，双层，双锅并联，三锅并联，单层和双层的产量是一样的，但是价格就相差很多，有些客户就接受不了，就单锅的话做一下蒸汽杀菌比较好，如果水浴杀菌的话就不合适，下面讲一下双层的优点，双层中上锅主要用来储水，先将上罐的水加热到杀菌温度，放到下锅来杀菌，杀菌罐内的循环水呈上、下、左、右不断的切换流动，从而缩短了杀菌操作的时间，提高了工作效率。节省了时间、人力和物力，降低了生产成本，从长远眼光来看，水浴式杀菌还是选择双层比较划算。
食品在普通加热杀菌过程中，食品中的微生物将有不同的变化，有的可能被消灭，有的可能被破坏，这是一种不好的现象。与此同时，食品本身的品质，营养成份及包装物外形等也将起变化，这又是一种不好的现象。鸭蛋杀菌锅的大目的就是高温短时间的杀菌方法把致病菌、产毒菌杀死，而使食品本身只应受到小的影响。
自动化程度高，当盛装产品的杀菌篮推入鸭蛋杀菌锅后，只要按下启动按钮，整个杀菌过程，升温、恒温杀菌、压力平衡、冷却自动完成。高温杀菌锅食品的特色是，包装经抽真空处理，避免因杀菌过程而产生的变色、变味，肉制品杀菌锅而且能延长食品的保存期限，易于常温流通、贮存。其缺点是由于单一高温长时间的杀菌，导致食物的口感、颜色可能发生变化。而淋水式杀菌锅以多段的逐渐升温加热杀菌，避免了食品处于长时间的高温、高压，生产出来食品的风味、口感几乎不变，可加工产品的种类也比较多。
