对于养殖来说，整体的消毒是有两种的，一种是化学产品的消毒比较彻底，当然危害也是比较大的。而另外一种是生物消毒，也就是说利用圈舍消毒除臭剂来进行生物消毒的方法，虽然没有化学的见效那么明显，但是经常使用，整体的生物菌进行一个维持的状态，效果也是不错的。
圈舍消毒的方法是化学和生物结合使用。其实消毒只是将表面的一点微生物杀死，当消毒剂功效一过，由于垫料下储藏着大量的有益微生物，加上猪不断地翻动，微生物很快又上来了。并且我们经常喷洒发酵床稀释菌液，菌液液中本身就是大量有益微生物。所以消毒不会造成任何影响。其实在垫料养殖中，除有时对走道、食槽、墙体等进行消毒外，很少直接对垫料消毒，除非遇到个别猪拉稀或病死，才会消毒一次。
抗生素只是对猪体内有作用，即使是排出残留一些，也不会对垫料中的有益微生物造成影响。
局部消毒不影响全局,如果猪只拉稀等,可以清理这部分猪粪,也可以直接洒石灰于粪便排放处消毒,不影响发酵床微生态平衡。同时，垫料内部是一个巨大的菌种库，经常可以通过翻料和猪只的拱料操作，把下面的菌种翻上来，对消毒部位进行了补充菌种。
使用传统发酵床养猪，对化学消毒剂比较敏感，但使用发酵床微生态垫料养猪就不担心这个情况，一是因为菌种的活力强盛，二是因为相对传统发酵床，微生态垫料中的微生物数量大了近20倍，局部消毒，一旦药性消失，微生物可以通过渗透从周围渗入，马上形成消毒的这个部位的一个新的微生态平衡。也就是说自我修复的功能比较强大，这一点在实践当中已经得到证实。
有了发酵床，平时传统方法应该怎样管理，还得怎样管理，这似乎给人的印象是，发酵床反而是增加了工序，更加累人了。其实不然，虽然增加了垫料的管理程序，但减少了粪便的处理程序，减少了冲洗粪尿的程序，减少了沼气池工艺，改善了猪场空气环境和地沟环境，特别重要的是减少了疾病的发生率等。与自然环境更加协调。
化学消毒不能经常使用，偶尔一次即可，剩下的用生物消毒法，把益加益圈舍消毒液稀释50倍，进行圈舍四周进行喷洒都没有问题的。
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